Prosím počkejte chvíli...
Nepřihlášený uživatel
Logo Ústavu informatiky a chemie
Nacházíte se: VŠCHT PrahaFCHTLICH  → Biomolekulární modelování
iduzel: 28302
idvazba: 53712
šablona: stranka
čas: 18.11.2019 08:35:32
verze: 4621
uzivatel:
remoteAPIs:
branch: trunk
Obnovit | RAW

Biomolekulární modelování

Vedoucí skupiny

  

 

doc. Ing. Filip Lankaš, Ph.D.

 
b  filip.lankas@vscht.cz

e  220 444 392

d  Z12b

 

Členové týmu

  

Mgr. Tomáš Dršata, Ph.D.

Ing. Hana Dohnalová

Bc. Eva Matoušková

Lucie Červenková

 

  

Hledáme nové kolegy na všech stupních studia.

 

Publikace

 

Výuka

Naše výzkumná skupina se zaměřuje na teorii a počítačové modelování struktury, dynamiky a mechanických vlastností nukleových kyselin. Molekuly DNA a RNA modelujeme na různých délkových a časových škálách, parametry modelů pak stanovujeme z dat získaných rozsáhlými simulacemi molekulové dynamiky. Výsledky aplikujeme na problémy z oblasti molekulární biologie, biofyziky a návrhu umělých molekulárních nanostruktur. Skupina disponuje výpočetní kapacitou pro rozsáhlé simulace i zpracování dat. Jsme rovněž zapojeni do společných projektů s českými a zahraničními vědeckými pracovišti.

 

Zabýváme se dvěma okruhy témat.

  

Sekvenčné závislá struktura a elasticita DNA. Detailní prostorová struktura a mechanická tuhost  (elasticita, flexibilita) dvoušroubovice DNA závisí na sekvenci bazí, jimiž je tvořena. Tuto vlastnost využívají mnohé proteiny (např. transkripční faktory) pro sekvenčně specifickou vazbu k DNA - protein se preferenčně váže k takové sekvenci, jejích prostorová konfigurace a flexibilita jsou příznivé pro tvorbu komplexu. Naším cílem je vyvinout spolehlivé modely, které přiřadí dané sekvenci její tvar a flexibilitu. Tuto informaci lze pak využít pro predikci prostorové struktury genomu, vazebných míst proteinů a malých molekul i v procesu návrhu nanostruktur DNA. Samostatný výzam má pak stanovení vlastností DNA poškozené následkem UV záření.

 

 

Dynamika a mechanické vlastnosti strukturních motivů RNA. Molekuly RNA jsou strukturně velmi bohaté - kromě dvoušroubovice se sbalují do různých nehelikálních strukturních motivů, které příroda opakovaně využívá. Např. v ribosomu, makromolekulárním komplexu syntetizujícím proteiny, funkčně spolupracují rigidní i flexibilní motivy. Tyto motivy tvoří také stavební prvky umělých nanostruktur, jejichž návrh i aplikace se v současnosti prudce rozvíjejí. Výhodou nanostruktur RNA je možnost jejich syntézy přímo v buňce, bez nutnosti přechodu přes buněčnou membránu. Našim cílem je vyvinout vhodné modely a stanovit jejich parametry tak, abychom popsali strukturní dynamiku a mechanické vlastnosti důležitých motivů. To přispěje jednak k pochopení biologické funkce jejich komplexů, jako je ribosom, jednak k racionalizaci návrhu nanostruktur RNA.

 

Aktualizováno: 29.10.2019 13:33, Autor: Filip Lankaš

VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČO: 60461373
DIČ: CZ60461373

Datová schránka: sp4j9ch

Copyright VŠCHT Praha
Za informace odpovídá Oddělení komunikace, technický správce Výpočetní centrum
Zobrazit plnou verzi