stdClass Object
(
    [nazev] => Ústav informatiky a chemie 
    [adresa_url] => 
    [api_hash] => 
    [seo_desc] => 
    [jazyk] => 
    [jednojazycny] => 
    [barva] => 
    [indexace] => 1
    [obrazek] => 
    [ga_force] => 
    [cookie_force] => 
    [secureredirect] => 
    [google_verification] => UOa3DCAUaJJ2C3MuUhI9eR1T9ZNzenZfHPQN4wupOE8
    [ga_account] => UA-10822215-6
    [ga_domain] => 
    [ga4_account] => G-VKDBFLKL51
    [gtm_id] => 
    [gt_code] => 
    [kontrola_pred] => 
    [omezeni] => 
    [pozadi1] => 
    [pozadi2] => 
    [pozadi3] => 
    [pozadi4] => 
    [pozadi5] => 
    [robots] => 
    [htmlheaders] => 
    [newurl_domain] => 'lich.vscht.cz'
    [newurl_jazyk] => 'cs'
    [newurl_akce] => '[cs]'
    [newurl_iduzel] => 
    [newurl_path] => 8548/43413/28159
    [newurl_path_link] => Odkaz na newurlCMS
    [iduzel] => 28159
    [platne_od] => 31.10.2023 17:04:00
    [zmeneno_cas] => 31.10.2023 17:04:23.915555
    [zmeneno_uzivatel_jmeno] => Jan Kříž
    [canonical_url] => 
    [idvazba] => 47447
    [cms_time] => 1726008992
    [skupina_www] => Array
        (
        )

    [slovnik] => stdClass Object
        (
            [logo_href] => /
            [logo] => 
            [logo_mobile_href] => /
            [logo_mobile] => 
            [google_search] => 001523547858480163194:u-cbn29rzve
            [social_fb_odkaz] => https://cs-cz.facebook.com/studuj.bioinformatiku/
            [social_tw_odkaz] => 
            [social_yt_odkaz] => 
            [intranet_odkaz] => //intranet.vscht.cz/
            [intranet_text] => Intranet 
            [mobile_over_nadpis_menu] => Menu
            [mobile_over_nadpis_search] => Hledání
            [mobile_over_nadpis_jazyky] => Jazyky
            [mobile_over_nadpis_login] => Přihlášení
            [menu_home] => Domovská stránka
            [paticka_mapa_odkaz] => /kontakt
            [paticka_budova_a_nadpis] => BUDOVA A
            [paticka_budova_a_popis] => Rektor, oddělení komunikace, centrum informačních služeb
            [paticka_budova_b_nadpis] => BUDOVA B
            [paticka_budova_b_popis] => Děkanáty fakult: FCHT, FTOP, FPBT, FCHI, 
pedagogické oddělení, výpočetní centrum, zahraniční oddělení, kvestor
            [paticka_budova_c_nadpis] => BUDOVA C
            [paticka_budova_c_popis] => Dětský koutek Zkumavka, praktický lékař, Ústav matematiky
            [paticka_budova_1_nadpis] => NÁRODNÍ TECHNICKÁ KNIHOVNA
            [paticka_budova_1_popis] =>  
            [paticka_budova_2_nadpis] => STUDENTSKÁ KAVÁRNA CARBON
            [paticka_budova_2_popis] =>  
            [paticka_adresa] => VŠCHT Praha

Technická 5

166 28 Praha 6 – Dejvice

IČ: 60461373

DIČ: CZ60461373



Datová schránka: sp4j9ch



Copyright VŠCHT Praha

Za informace odpovídá Oddělení komunikace, technický správce Výpočetní centrum
            [paticka_odkaz_mail] => mailto:lich@vscht.cz
            [zobraz_desktop_verzi] => Zobrazit plnou verzi
            [social_fb_title] => Facebook Bioinformatika
            [social_tw_title] => 
            [social_yt_title] => 
            [aktualizovano] => Aktualizováno
            [autor] => Autor
            [drobecky] => Nacházíte se: VŠCHT Praha – FCHT  – LICH  
            [preloader] => Prosím počkejte chvíli... 
            [more_info] =>  
            [zobraz_mobilni_verzi] =>  
            [nepodporovany_prohlizec] =>  
            [social_in_odkaz] =>  
            [hledani_nadpis] => hledání
            [hledani_nenalezeno] => Nenalezeno...
            [hledani_vyhledat_google] => vyhledat pomocí Google
            [social_li_odkaz] =>  
        )

    [poduzel] => stdClass Object
        (
            [28161] => stdClass Object
                (
                    [obsah] => 
                    [poduzel] => stdClass Object
                        (
                            [28167] => stdClass Object
                                (
                                    [obsah] => 
                                    [iduzel] => 28167
                                    [canonical_url] => //lich.vscht.cz
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => 
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => 
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 
                                        )

                                )

                            [28165] => stdClass Object
                                (
                                    [obsah] => 
                                    [iduzel] => 28165
                                    [canonical_url] => //lich.vscht.cz
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => 
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => 
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 
                                        )

                                )

                            [28166] => stdClass Object
                                (
                                    [obsah] => 
                                    [iduzel] => 28166
                                    [canonical_url] => //lich.vscht.cz
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => 
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => 
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 
                                        )

                                )

                        )

                    [iduzel] => 28161
                    [canonical_url] => 
                    [skupina_www] => Array
                        (
                        )

                    [url] => 
                    [sablona] => stdClass Object
                        (
                            [class] => 
                            [html] => 
                            [css] => 
                            [js] => 
                            [autonomni] => 
                        )

                )

            [28162] => stdClass Object
                (
                    [obsah] => 
                    [poduzel] => stdClass Object
                        (
                            [28301] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => Cheminformatika
                                    [seo_title] => Cheminformatika
                                    [seo_desc] => 
                                    [autor] => 
                                    [autor_email] => 
                                    [obsah] => 




Vedoucí skupiny
  

 
prof. Mgr. Daniel Svozil, Ph.D.
 
b  daniel.svozil@vscht.cz
e  220 442 244
d  B1320
 
Členové týmu
      Výzkumní pracovníci
            Ing. Petr Čech, Ph.D.
            Ing. Ivan Čmelo, Ph.D.
            Mariia Matveieva, Ph.D.
            Ing. Martin Šícho, Ph.D.
            Ing. Milan Voršilák, Ph.D.


      Ph.D. studenti
            M.Sc. Isabel Agea
            Ing. Kamila Clarová
            M.Sc. Wim Dehaen
            Ing. Valeriia Fil
            Mgr. František Pešina
            Ing. David Příhoda


Publikace
Software






Cheminformatika se zabývá použitím výpočetních technik pro pochopení vztahů mezi biologickou aktivitou a strukturou organické sloučeniny. Cheminformatika je mezioborová disciplína kloubící dohromady chemii, statistiku, informatiku a molekulární biologii.








 
V naší skupině se zabýváme návrhem a analýzou struktur organických sloučenin za účelem nalezení látek vykazujících definovaný biologický efekt. Úzce spolupracujeme s Oddělením buněčné diferenciace Dr. P. Bartůňka z Ústavu molekulární genetiky AV ČR. V rámci této spolupráce se zabýváme výzkumem úlohy jaderných receptorů s cílem prohloubit  naše znalosti o příčinách vzniku nádorových onemocnění a o možnostech jejich prevence a léčby.





 
Oddělení buněčné diferenciace provozuje Národní infrastrukturu chemické biologie CZ-OPENSCREEN, která je národním uzlem evropské infrastruktury EU-OPENSCREEN. Naše skupina je, jako jeden ze členů této infrastruktury, zodpovědná za oblast cheminformatiky a analýzy dat. Zapojení v infrastruktuře chemické biologie nám zajištuje přístup k zajímavým evropským projektům a trvalý zdroj financování našich výzkumných aktivit.






                                    [urlnadstranka] => 
                                    [ogobrazek] => 
                                    [pozadi] => 
                                    [iduzel] => 28301
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /cheminf
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => stranka
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                            [38812] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => Informace o studiu
                                    [seo_title] => Informace o studiu
                                    [seo_desc] => 
                                    [autor] => 
                                    [autor_email] => 
                                    [obsah] => 
Od akademického roku 2014/2015 provozujeme bakalářský a magisterský program  "Bioinformatika". V akademickém roce 2019/2020 pak k nabídce přibyl též stejnojmenný doktorský program. Abychom studentům nabídli co nejkvalitnější vzdělání, spojili jsme se při zajišťování oboru s našimi kolegy z dalších akademických pracovišť.

Předměty přírodovědného základu jsou vyučovány zde na VŠCHT.
Informatiku zajišťuje FIT ČVUT.
Specializované bioinformatické přednášky v magisterském studiu zajišťují bioinformatické laboratoře působící na ÚMG a ÚOCHB AV ČR.


Přednášející z těchto pracovišť též vypisují bakalářské, diplomové a dizertační práce, což nám umožňuje nabízet témata z mnoha různých oblastí. Řešené práce pokrývají především problematiku z

bioinformatiky
systémové biologie
cheminformatiky
počítačového návrhu léčiv
molekulového modelování biologických systémů

                                    [urlnadstranka] => 
                                    [obrazek] => 
                                    [iduzel] => 38812
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /studium
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => stranka
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                            [30349] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => Výzkumné skupiny
                                    [seo_title] => Výzkumné skupiny
                                    [seo_desc] => 
                                    [autor] => 
                                    [autor_email] => 
                                    [obsah] => 
                                    [iduzel] => 30349
                                    [canonical_url] => //lich.vscht.cz/skupiny
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /skupiny
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => boxy
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => $(function() { 
	setInterval(function () { $('*[data-countdown]').each(function() { CountDownIt('#'+$(this).attr("id")); }); },1000); 
	setInterval(function () { $('.homebox_slider:not(.stop)').each(function () { slide($(this),true); }); },5000);
});

function CountDownIt(selector) {
	var el=$(selector);foo = new Date;
	var unixtime = el.attr('data-countdown')*1-parseInt(foo.getTime() / 1000); if(unixtime<0) unixtime=0;
	var dnu = 1*parseInt(unixtime / (3600*24)); unixtime=unixtime-(dnu*(3600*24)); 
	var hodin = 1*parseInt(unixtime / (3600));  unixtime=unixtime-(hodin*(3600));
	var minut = 1*parseInt(unixtime / (60));    unixtime=unixtime-(minut*(60));
        if(unixtime<10) {unixtime='0'+unixtime;}
        if(dnu<10) {unixtime='0'+dnu;}
        if(hodin<10) {unixtime='0'+hodin;}
        if(minut<10) {unixtime='0'+minut;}

	el.html(dnu+':'+hodin+':'+minut+':'+unixtime);
}

function slide(el,vlevo) {
	if(el.length<1) return false; var leva=el.find('.content').position().left; var sirka=el.width(); var pocet=el.find('.content .homebox').length-1;
	var cislo=leva/sirka*-1; if(vlevo) { if(cislo+1>pocet) cislo=0; else cislo++; } else { if(cislo==0) cislo=pocet-1; else cislo--; }
	el.find('.content').animate({'left':-1*cislo*sirka});
	el.find('.slider_puntiky a').removeClass('selected');
	el.find('.slider_puntiky a.puntik'+cislo).addClass('selected');
	return false;
}

function slideTo(el,cislo) {
	if(el.length<1) return false; var sirka=el.width(); var pocet=el.find('.content .homebox').length-1; if(cislo<0 || cislo>pocet) return false;
	el.find('.content').animate({'left':-1*cislo*sirka});
	el.find('.slider_puntiky a').removeClass('selected');
	el.find('.slider_puntiky a.puntik'+cislo).addClass('selected');
	return false;
}

                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                            [28317] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => Jak se k nám dostanete
                                    [seo_title] => Jak se k nám dostanete
                                    [seo_desc] => 
                                    [autor] => 
                                    [autor_email] => 
                                    [obsah] => 

                                    [urlnadstranka] => 
                                    [ogobrazek] => 
                                    [pozadi] => 
                                    [iduzel] => 28317
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /mapa
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => stranka
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                            [28303] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => Software
                                    [seo_title] => Software
                                    [seo_desc] => 
                                    [autor] => 
                                    [autor_email] => 
                                    [obsah] => 
                                    [iduzel] => 28303
                                    [canonical_url] => //lich.vscht.cz/software
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /software
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => boxy
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => $(function() { 
	setInterval(function () { $('*[data-countdown]').each(function() { CountDownIt('#'+$(this).attr("id")); }); },1000); 
	setInterval(function () { $('.homebox_slider:not(.stop)').each(function () { slide($(this),true); }); },5000);
});

function CountDownIt(selector) {
	var el=$(selector);foo = new Date;
	var unixtime = el.attr('data-countdown')*1-parseInt(foo.getTime() / 1000); if(unixtime<0) unixtime=0;
	var dnu = 1*parseInt(unixtime / (3600*24)); unixtime=unixtime-(dnu*(3600*24)); 
	var hodin = 1*parseInt(unixtime / (3600));  unixtime=unixtime-(hodin*(3600));
	var minut = 1*parseInt(unixtime / (60));    unixtime=unixtime-(minut*(60));
        if(unixtime<10) {unixtime='0'+unixtime;}
        if(dnu<10) {unixtime='0'+dnu;}
        if(hodin<10) {unixtime='0'+hodin;}
        if(minut<10) {unixtime='0'+minut;}

	el.html(dnu+':'+hodin+':'+minut+':'+unixtime);
}

function slide(el,vlevo) {
	if(el.length<1) return false; var leva=el.find('.content').position().left; var sirka=el.width(); var pocet=el.find('.content .homebox').length-1;
	var cislo=leva/sirka*-1; if(vlevo) { if(cislo+1>pocet) cislo=0; else cislo++; } else { if(cislo==0) cislo=pocet-1; else cislo--; }
	el.find('.content').animate({'left':-1*cislo*sirka});
	el.find('.slider_puntiky a').removeClass('selected');
	el.find('.slider_puntiky a.puntik'+cislo).addClass('selected');
	return false;
}

function slideTo(el,cislo) {
	if(el.length<1) return false; var sirka=el.width(); var pocet=el.find('.content .homebox').length-1; if(cislo<0 || cislo>pocet) return false;
	el.find('.content').animate({'left':-1*cislo*sirka});
	el.find('.slider_puntiky a').removeClass('selected');
	el.find('.slider_puntiky a.puntik'+cislo).addClass('selected');
	return false;
}

                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                            [28302] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => Biomolekulární modelování
                                    [seo_title] => Biomolekulární modelování
                                    [seo_desc] => 
                                    [autor] => 
                                    [autor_email] => 
                                    [obsah] => 




Vedoucí skupiny
  

 
doc. Ing. Filip Lankaš, Ph.D.
 
b  filip.lankas@vscht.cz
e  220 444 392
d  Z12b
 
Členové týmu
  
Mgr. Tomáš Dršata, Ph.D.
Ing. Hana Dohnalová
Ing. Eva Matoušková
Bc. Martina Zoubková
Oleksandra Shumilina
 

  
Hledáme nové kolegy na všech stupních studia.
 
Publikace
 
Výuka




Naše výzkumná skupina se zaměřuje na teorii a počítačové modelování struktury, dynamiky a mechanických vlastností nukleových kyselin. Molekuly DNA a RNA modelujeme na různých délkových a časových škálách, parametry modelů pak stanovujeme z dat získaných rozsáhlými simulacemi molekulové dynamiky. Výsledky aplikujeme na problémy z oblasti molekulární biologie, biofyziky a návrhu umělých molekulárních nanostruktur. Skupina disponuje výpočetní kapacitou pro rozsáhlé simulace i zpracování dat. Jsme rovněž zapojeni do společných projektů s českými a zahraničními vědeckými pracovišti.
 
Zabýváme se dvěma okruhy témat.
  
Sekvenčné závislá struktura a elasticita DNA. Detailní prostorová struktura a mechanická tuhost  (elasticita, flexibilita) dvoušroubovice DNA závisí na sekvenci bazí, jimiž je tvořena. Tuto vlastnost využívají mnohé proteiny (např. transkripční faktory) pro sekvenčně specifickou vazbu k DNA - protein se preferenčně váže k takové sekvenci, jejích prostorová konfigurace a flexibilita jsou příznivé pro tvorbu komplexu. Naším cílem je vyvinout spolehlivé modely, které přiřadí dané sekvenci její tvar a flexibilitu. Tuto informaci lze pak využít pro predikci prostorové struktury genomu, vazebných míst proteinů a malých molekul i v procesu návrhu nanostruktur DNA. Samostatný výzam má pak stanovení vlastností DNA poškozené následkem UV záření.
 





 
Dynamika a mechanické vlastnosti strukturních motivů RNA. Molekuly RNA jsou strukturně velmi bohaté - kromě dvoušroubovice se sbalují do různých nehelikálních strukturních motivů, které příroda opakovaně využívá. Např. v ribosomu, makromolekulárním komplexu syntetizujícím proteiny, funkčně spolupracují rigidní i flexibilní motivy. Tyto motivy tvoří také stavební prvky umělých nanostruktur, jejichž návrh i aplikace se v současnosti prudce rozvíjejí. Výhodou nanostruktur RNA je možnost jejich syntézy přímo v buňce, bez nutnosti přechodu přes buněčnou membránu. Našim cílem je vyvinout vhodné modely a stanovit jejich parametry tak, abychom popsali strukturní dynamiku a mechanické vlastnosti důležitých motivů. To přispěje jednak k pochopení biologické funkce jejich komplexů, jako je ribosom, jednak k racionalizaci návrhu nanostruktur RNA.
 







                                    [urlnadstranka] => 
                                    [ogobrazek] => 
                                    [pozadi] => 
                                    [iduzel] => 28302
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /biomodel
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => stranka
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                            [10947] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => Přístup odepřen (chyba 403)
                                    [seo_title] => Přístup odepřen
                                    [seo_desc] => Chyba 403
                                    [autor] => 
                                    [autor_email] => 
                                    [perex] => 
                                    [ikona] => zamek
                                    [obrazek] => 
                                    [ogobrazek] => 
                                    [pozadi] => 
                                    [obsah] => 
Nemáte přístup k obsahu stránky.
Zkontrolujte, zda jste v síti VŠCHT Praha, nebo se přihlaste (v pravém horním rohu stránek).
                                    [urlnadstranka] => 
                                    [iduzel] => 10947
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /[error403]
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => stranka_ikona
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                            [1485] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => Stránka nenalezena
                                    [seo_title] => Stránka nenalezena (chyba 404)
                                    [seo_desc] => Chyba 404
                                    [autor] => 
                                    [autor_email] => 
                                    [obsah] => 
Chyba 404
Požadovaná stránka se na webu (již) nenachází. Kontaktuje prosím webmastera a upozorněte jej na chybu.
Pokud jste změnili jazyk stránek, je možné, že požadovaná stránka v překladu neexistuje. Pro pokračování prosím klikněte na home.  
Děkujeme!
                                    [urlnadstranka] => 
                                    [ogobrazek] => 
                                    [pozadi] => 
                                    [iduzel] => 1485
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /[error404]
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => stranka
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                            [28175] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => O ústavu
                                    [seo_title] => Úvod
                                    [seo_desc] => 
                                    [autor] => 
                                    [autor_email] => 
                                    [obsah] => 
V roce 2002 byla na VŠCHT Praha založena, iniciativou Dr. Miloslava Niče, Laboratoř informatiky a chemie. Zpočátku se Laboratoř soustředila na odborné elektronické publikování v oblasti chemie a garantovala studijní obor “Informatika a chemie”. V září 2010 došlo ke změně na pozici vedoucího, kdy Dr. M. Niče vystřídal doc. Daniel Svozil. S jeho příchodem se zaměření laboratoře změnilo a nyní se pracoviště zabývá výzkumem v oborech bioinformatika, cheminformatika, počítačový návrh léčiv a molekulové modelování. To se odrazilo i v akreditaci Bc. a Mgr. programu  “Bioinformatika”, který je  na VŠCHT vyučován od akademického roku 2014/2015. V listopadu  2017 byla Laboratoř transformována na Ústav informatiky a chemie. V roce 2019/2020 pak byla zahájena výuka v doktorském studijním programu "Bioinformatika".
                                    [urlnadstranka] => 
                                    [ogobrazek] => 
                                    [pozadi] => 
                                    [iduzel] => 28175
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /home
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => stranka
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                            [28291] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => 
                                    [seo_title] => Lidé
                                    [seo_desc] => 
                                    [autor] => 
                                    [autor_email] => 
                                    [obsah] => 
Akademičtí pracovníci





prof. Daniel Svozil, Ph.D.
vedoucí ústavu

b daniel.svozil at vscht.cz
e 220 442 244
d B1320




Ing. Petr Čech, Ph.D.
tajemník ústavu

b petr.cech at vscht.cz
e 220 443 366
d B1319




Ing. Jiří Znamenáček
PZVT

b  jiri.znamenacek at vscht.cz
e 220 442 041
d B1316




doc. Ing. Filip Lankaš, Ph.D.
referent BOZP

b filip.lankas at vscht.cz
e 220 442 074
d B1318



Ing. Ivan Čmelo, Ph.D.
b ivan.cmelo at vscht.cz
e 220 444 379
d B1318



Ing. Jiří Jirát, Ph.D.
b jiri.jirat at vscht.cz
e 220 444 393
d A320B


 
Mgr. Michal Kolář, Ph.D.
b michal.kolar at vscht.cz
e 220 442 080
d B1314


 
Mgr. Mariia Matveieva, Ph.D.
b mariia.matveieva at vscht.cz
e 220 442 075
d B1317


 
Mgr. Jan Pačes, Ph.D.
b jan.paces at vscht.cz
e 220 442 080
d B1314



Ing. Martin Šícho, Ph.D.
b martin.sicho at vscht.cz





Ing. Milan Voršilák, Ph.D.
b milan.vorsilak at vscht.cz





 
Ph.D. studenti




M.Sc. Isabel Agea
b Maria.Isabel.Agea.Lorente at vscht.cz




 
Ing. Kamila Clarová
b kamila.clarova at vscht.cz
e 220 442 081
d B1317



M.Sc. Wim Dehaen
b wim.dehaen at vscht.cz
e 220 442 014
d B1316



Ing. Hana Dohnalová
b hana.dohnalova at vscht.cz
e 220 442 014
d B1316


 
Ing. Valeriia Fil
b valeriia.fil at vscht.cz
e 220 442 014
d B1316


 
Ing. Eva Matoušková
b eva.matouskova at vscht.cz
e 220 442 014
d B1316


 
Ing. František Pešina
b frantisek.pesina at vscht.cz
e 220 442 014
d B1316


 
Ing. David Příhoda
b david.prihoda at vscht.cz
e 220 442 014
d B1316



                                    [submenuno] => 1
                                    [urlnadstranka] => 
                                    [ogobrazek] => 
                                    [pozadi] => 
                                    [iduzel] => 28291
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /lide
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => stranka
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                        )

                    [iduzel] => 28162
                    [canonical_url] => 
                    [skupina_www] => Array
                        (
                        )

                    [url] => 
                    [sablona] => stdClass Object
                        (
                            [class] => 
                            [html] => 
                            [css] => 
                            [js] => 
                            [autonomni] => 
                        )

                )

            [519] => stdClass Object
                (
                    [nadpis] => 
                    [data] => 
                    [poduzel] => stdClass Object
                        (
                            [61411] => stdClass Object
                                (
                                    [nadpis] => 
                                    [apiurl] => https://studuj-api.cis.vscht.cz/cms/?weburl=/sis
                                    [urlwildcard] => cis-path
                                    [iduzel] => 61411
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /sis
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => api_html
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                        )

                    [iduzel] => 519
                    [canonical_url] => 
                    [skupina_www] => Array
                        (
                        )

                    [url] => 
                    [sablona] => stdClass Object
                        (
                            [class] => 
                            [html] => 
                            [css] => 
                            [js] => 
                            [autonomni] => 
                        )

                )

        )

    [sablona] => stdClass Object
        (
            [class] => web
            [html] => 
            [css] => 
            [js] => 
            [autonomni] => 1
        )

    [api_suffix] => 
)

DATA

stdClass Object
(
    [nazev] => Cheminformatika
    [seo_title] => Cheminformatika
    [seo_desc] => 
    [autor] => 
    [autor_email] => 
    [obsah] => 
Molpher & molpher-lib
Chemický prostor je množina všech možných stabilních organických sloučenin. Jeho velikost je enormní, např. počet sloučenin s molekulovou hmotností menší než 500 Da se odhaduje na 1060. Naprosto drtivá většina těchto struktur však nebyla dosud ani navržena, natož pak syntetizována a charakterizována. Proto jsme vyvinuli metodu molekulárního morfingu [Hoksza D. et al. Journal of Cheminformatics 6 : 7 2014. DOI: 10.1186/1758-2946-6-7], která slouží ke generování virtuálních struktur mezi dvěma danými sloučeninami. Tato metoda je naimplementována ve volně dostupném programu Molpher a je též dostupná z programovacího jazyka Python pomocí knihovny molpher-lib.
Nonpher
Pro počítačovou klasifikaci látek na snadno či těžko syntetizovatelné je potřeba mít k dispozici příklady z obou tříd. Zatímco snadno syntetizovatelné látky je možno získat výběrem z katalogů chemických dodavatelů, struktury těžko syntetizovatelných látek nejsou dostupné v žádné databázi. Proto jsme vyvinuli metodologii Nonpher, která je založena na molekulárním morfingu a umožňuje navrhnout struktury těžko syntetizovatelných látek [Voršilák M. et al. Journal of Cheminformatics 9:20 2017. DOI: 10.1186/s13321-017-0206-2].
InCHlib
Tzv. shlukové heatmapy (angl. cluster heatmaps) se používají pro analýzu a vizualizaci hierarchických shluků v datových maticích. Naše volně dostupná Javascriptová knihovna InCHlib (Interactive Cluster Heatmap Library) [Škuta C. et al. Journal of Cheminformatics 6 : 44 2014. DOI: 10.1186/s13321-014-0044-4]  umožňuje uživatelům rozšířit webovské portály o flexibilní a interaktivní vizualizaci shlukových map.
MolMiner
MolMiner je volně šiřitelný software napsaný v jazyce Python, který slouží k extrakci vzorců a názvů chemických sloučenin z vědeckých publikací. Je možné jej používat nejen z příkazové řádky, ale též jako knihovnu pro programovací jazyk Python. Vstupem do MolMineru je PDF či naskenované obrázky dokumentu, např. článku z oblasti organické chemie, a výstupem je množina chemických sloučenin ve formátu SMILES/InChI/SDF, jejichž názvy a 2D struktury byly v  textu nalezeny.
Probes & Drugs portál
Chemické próby (angl. probes) jsou malé organické molekuly, které se používají pro studium funkce genů, validaci molekulových cílů nebo analýzu komplexních buněčných procesů. Na rozdíl od léčiv (angl. drugs) jsou hlavními vlastnostmi prób jejich potence, selektivita a dobře definovaný mechanismus účinku. Nalezení próby pro daný experimentální úkol však není jednoduchá věc, neboť informace o možných kandidátech jsou typicky rozprostřeny  přes několik databází. Proto naši kolegové z Oddělení buněčné diferenciace ÚMG AV ČR vyvinuli, s našim malým přispěním, portál Probes & Drugs [Škuta C. et al., Nature Methods 14 (8) 758-759 2017. DOI: 10.1038/nmeth.4365], jehož množina téměř 30 000 prób a léčiv je agregována z 29 zavedených veřejných a komerčních chemických knihoven. Portál je aktualizován každý měsíc a umožňuje uživatelům snadno identifikovat vhodné chemické nástroje pro použití v chemické biologii či při vývoji nových léčiv.
    [submenuno] => 
    [urlnadstranka] => 
    [ogobrazek] => 
    [pozadi] => 
    [newurl_domain] => 'lich.vscht.cz'
    [newurl_jazyk] => 'cs'
    [newurl_akce] => '/software/cheminf'
    [newurl_iduzel] => 40192
    [newurl_path] => 8548/43413/8548/28158/28159/28162/28303/38807
    [newurl_path_link] => Odkaz na newurlCMS
    [iduzel] => 38807
    [platne_od] => 30.10.2019 18:13:00
    [zmeneno_cas] => 30.10.2019 18:13:00.640715
    [zmeneno_uzivatel_jmeno] => Daniel Svozil
    [canonical_url] => 
    [idvazba] => 41201
    [cms_time] => 1726010619
    [skupina_www] => Array
        (
        )

    [slovnik] => Array
        (
        )

    [poduzel] => Array
        (
        )

    [sablona] => stdClass Object
        (
            [class] => stranka
            [html] => 
            [css] => 
            [js] => 
            [autonomni] => 1
        )

    [api_suffix] => 
)