stdClass Object
(
[nazev] => Ústav informatiky a chemie
[adresa_url] =>
[api_hash] =>
[seo_desc] =>
[jazyk] =>
[jednojazycny] =>
[barva] =>
[indexace] => 1
[obrazek] =>
[ga_force] =>
[secureredirect] =>
[google_verification] => UOa3DCAUaJJ2C3MuUhI9eR1T9ZNzenZfHPQN4wupOE8
[ga_account] => UA-10822215-6
[ga_domain] =>
[gtm_id] =>
[gt_code] =>
[kontrola_pred] =>
[omezeni] =>
[pozadi1] =>
[pozadi2] =>
[pozadi3] =>
[pozadi4] =>
[pozadi5] =>
[robots] =>
[htmlheaders] =>
[iduzel] => 28159
[platne_od] => 27.10.2017 17:22:00
[zmeneno_cas] => 27.10.2017 17:22:50.871272
[zmeneno_uzivatel_jmeno] => Jan Kříž
[canonical_url] =>
[idvazba] => 47447
[cms_time] => 1618298745
[skupina_www] => Array
(
)
[slovnik] => stdClass Object
(
[logo_href] => /
[logo] => 
[logo_mobile_href] => /
[logo_mobile] =>
[google_search] => 001523547858480163194:u-cbn29rzve
[social_fb_odkaz] => https://cs-cz.facebook.com/studuj.bioinformatiku/
[social_tw_odkaz] =>
[social_yt_odkaz] =>
[intranet_odkaz] => //intranet.vscht.cz/
[intranet_text] => Intranet
[mobile_over_nadpis_menu] => Menu
[mobile_over_nadpis_search] => Hledání
[mobile_over_nadpis_jazyky] => Jazyky
[mobile_over_nadpis_login] => Přihlášení
[menu_home] => Domovská stránka
[paticka_mapa_odkaz] => /kontakt
[paticka_budova_a_nadpis] => BUDOVA A
[paticka_budova_a_popis] => Rektorát, oddělení komunikace, pedagogické oddělení, děkanát FCHT, centrum informačních služeb
[paticka_budova_b_nadpis] => BUDOVA B
[paticka_budova_b_popis] => Věda a výzkum, děkanát FTOP, děkanát FPBT, děkanát FCHI, výpočetní centrum, zahraniční oddělení, kvestor
[paticka_budova_c_nadpis] => BUDOVA C
[paticka_budova_c_popis] => Dětský koutek Zkumavka, praktický lékař, katedra ekonomiky a managementu, ústav matematiky
[paticka_budova_1_nadpis] => NÁRODNÍ TECHNICKÁ KNIHOVNA
[paticka_budova_1_popis] =>
[paticka_budova_2_nadpis] => STUDENTSKÁ KAVÁRNA CARBON
[paticka_budova_2_popis] =>
[paticka_adresa] => VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČO: 60461373
DIČ: CZ60461373
Datová schránka: sp4j9ch
Copyright VŠCHT Praha
Za informace odpovídá Oddělení komunikace, technický správce Výpočetní centrum
[paticka_odkaz_mail] => mailto:lich@vscht.cz
[zobraz_desktop_verzi] => Zobrazit plnou verzi
[social_fb_title] => Facebook Bioinformatika
[social_tw_title] =>
[social_yt_title] =>
[aktualizovano] => Aktualizováno
[autor] => Autor
[drobecky] => Nacházíte se: VŠCHT Praha – FCHT – LICH
[preloader] => Prosím počkejte chvíli...
[more_info] =>
[zobraz_mobilni_verzi] =>
[nepodporovany_prohlizec] =>
[social_in_odkaz] =>
[hledani_nadpis] => hledání
[hledani_nenalezeno] => Nenalezeno...
[hledani_vyhledat_google] => vyhledat pomocí Google
)
[poduzel] => stdClass Object
(
[28161] => stdClass Object
(
[obsah] =>
[poduzel] => stdClass Object
(
[28167] => stdClass Object
(
[obsah] =>
[iduzel] => 28167
[canonical_url] => //lich.vscht.cz
[skupina_www] => Array
(
)
[url] =>
[sablona] => stdClass Object
(
[class] =>
[html] =>
[css] =>
[js] =>
[autonomni] =>
)
)
[28165] => stdClass Object
(
[obsah] =>
[iduzel] => 28165
[canonical_url] => //lich.vscht.cz
[skupina_www] => Array
(
)
[url] =>
[sablona] => stdClass Object
(
[class] =>
[html] =>
[css] =>
[js] =>
[autonomni] =>
)
)
[28166] => stdClass Object
(
[obsah] =>
[iduzel] => 28166
[canonical_url] => //lich.vscht.cz
[skupina_www] => Array
(
)
[url] =>
[sablona] => stdClass Object
(
[class] =>
[html] =>
[css] =>
[js] =>
[autonomni] =>
)
)
)
[iduzel] => 28161
[canonical_url] =>
[skupina_www] => Array
(
)
[url] =>
[sablona] => stdClass Object
(
[class] =>
[html] =>
[css] =>
[js] =>
[autonomni] =>
)
)
[28162] => stdClass Object
(
[obsah] =>
[poduzel] => stdClass Object
(
[28301] => stdClass Object
(
[nazev] => Cheminformatika
[seo_title] => Cheminformatika
[seo_desc] =>
[autor] =>
[autor_email] =>
[obsah] =>
Vedoucí skupiny
doc. Mgr. Daniel Svozil, Ph.D. e 220 444 391 d Z12a
Členové týmuVýzkumní pracovníci Ph.D. studenti PublikaceSoftware |
Cheminformatika se zabývá použitím výpočetních technik pro pochopení vztahů mezi biologickou aktivitou a strukturou organické sloučeniny. Cheminformatika je mezioborová disciplína kloubící dohromady chemii, statistiku, informatiku a molekulární biologii.
V naší skupině se zabýváme návrhem a analýzou struktur organických sloučenin za účelem nalezení látek vykazujících definovaný biologický efekt. Úzce spolupracujeme s Oddělením buněčné diferenciace Dr. P. Bartůňka z Ústavu molekulární genetiky AV ČR. V rámci této spolupráce se zabýváme výzkumem úlohy jaderných receptorů s cílem prohloubit naše znalosti o příčinách vzniku nádorových onemocnění a o možnostech jejich prevence a léčby.
Oddělení buněčné diferenciace provozuje Národní infrastrukturu chemické biologie CZ-OPENSCREEN, která je národním uzlem evropské infrastruktury EU-OPENSCREEN. Naše skupina je, jako jeden ze členů této infrastruktury, zodpovědná za oblast cheminformatiky a analýzy dat. Zapojení v infrastruktuře chemické biologie nám zajištuje přístup k zajímavým evropským projektům a trvalý zdroj financování našich výzkumných aktivit. |
Od akademického roku 2014/2015 provozujeme bakalářský a magisterský program "Bioinformatika". V akademickém roce 2019/2020 pak k nabídce přibyl též stejnojmenný doktorský program. Abychom studentům nabídli co nejkvalitnější vzdělání, spojili jsme se při zajišťování oboru s našimi kolegy z dalších akademických pracovišť.
- Předměty přírodovědného základu jsou vyučovány zde na VŠCHT.
- Informatiku zajišťuje FIT ČVUT.
- Specializované bioinformatické přednášky v magisterském studiu zajišťují bioinformatické laboratoře působící na ÚMG a ÚOCHB AV ČR.
Přednášející z těchto pracovišť též vypisují bakalářské, diplomové a dizertační práce, což nám umožňuje nabízet témata z mnoha různých oblastí. Řešené práce pokrývají především problematiku z
- bioinformatiky
- systémové biologie
- cheminformatiky
- počítačového návrhu léčiv
- molekulového modelování biologických systémů
1. Vstupte do budovy B bočním vchodem z ulice Studentská.
2. Za turnikety jděte vpravo.
3. Projděte chodbou stále rovně až na dvůr.
4. Ze dvora vstupte do budovy prvními dveřmi po pravé straně.
5. Jděte schodištěm do druhého patra.
6. Jděte vlevo až na konec chodby, dveře Z B2 - 364.
Vedoucí skupiny
doc. Ing. Filip Lankaš, Ph.D. e 220 444 392 d Z12b
Členové týmu
Mgr. Tomáš Dršata, Ph.D. Ing. Hana Dohnalová Ing. Eva Matoušková Bc. Lucie Červenková
Hledáme nové kolegy na všech stupních studia.
Publikace
Výuka |
Naše výzkumná skupina se zaměřuje na teorii a počítačové modelování struktury, dynamiky a mechanických vlastností nukleových kyselin. Molekuly DNA a RNA modelujeme na různých délkových a časových škálách, parametry modelů pak stanovujeme z dat získaných rozsáhlými simulacemi molekulové dynamiky. Výsledky aplikujeme na problémy z oblasti molekulární biologie, biofyziky a návrhu umělých molekulárních nanostruktur. Skupina disponuje výpočetní kapacitou pro rozsáhlé simulace i zpracování dat. Jsme rovněž zapojeni do společných projektů s českými a zahraničními vědeckými pracovišti.
Zabýváme se dvěma okruhy témat.
Sekvenčné závislá struktura a elasticita DNA. Detailní prostorová struktura a mechanická tuhost (elasticita, flexibilita) dvoušroubovice DNA závisí na sekvenci bazí, jimiž je tvořena. Tuto vlastnost využívají mnohé proteiny (např. transkripční faktory) pro sekvenčně specifickou vazbu k DNA - protein se preferenčně váže k takové sekvenci, jejích prostorová konfigurace a flexibilita jsou příznivé pro tvorbu komplexu. Naším cílem je vyvinout spolehlivé modely, které přiřadí dané sekvenci její tvar a flexibilitu. Tuto informaci lze pak využít pro predikci prostorové struktury genomu, vazebných míst proteinů a malých molekul i v procesu návrhu nanostruktur DNA. Samostatný výzam má pak stanovení vlastností DNA poškozené následkem UV záření.
Dynamika a mechanické vlastnosti strukturních motivů RNA. Molekuly RNA jsou strukturně velmi bohaté - kromě dvoušroubovice se sbalují do různých nehelikálních strukturních motivů, které příroda opakovaně využívá. Např. v ribosomu, makromolekulárním komplexu syntetizujícím proteiny, funkčně spolupracují rigidní i flexibilní motivy. Tyto motivy tvoří také stavební prvky umělých nanostruktur, jejichž návrh i aplikace se v současnosti prudce rozvíjejí. Výhodou nanostruktur RNA je možnost jejich syntézy přímo v buňce, bez nutnosti přechodu přes buněčnou membránu. Našim cílem je vyvinout vhodné modely a stanovit jejich parametry tak, abychom popsali strukturní dynamiku a mechanické vlastnosti důležitých motivů. To přispěje jednak k pochopení biologické funkce jejich komplexů, jako je ribosom, jednak k racionalizaci návrhu nanostruktur RNA.
|
Nemáte přístup k obsahu stránky.
Zkontrolujte, zda jste v síti VŠCHT Praha, nebo se přihlaste (v pravém horním rohu stránek).
[urlnadstranka] => [iduzel] => 10947 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /[error403] [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka_ikona [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [1485] => stdClass Object ( [nazev] => Stránka nenalezena [seo_title] => Stránka nenalezena (chyba 404) [seo_desc] => Chyba 404 [autor] => [autor_email] => [obsah] =>Požadovaná stránka se na webu (již) nenachází. Kontaktuje prosím webmastera a upozorněte jej na chybu.
Pokud jste změnili jazyk stránek, je možné, že požadovaná stránka v překladu neexistuje. Pro pokračování prosím klikněte na home.
Děkujeme!
[urlnadstranka] => [iduzel] => 1485 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /[error404] [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [28175] => stdClass Object ( [nazev] => O ústavu [seo_title] => Úvod [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>V roce 2002 byla na VŠCHT Praha založena, iniciativou Dr. Miloslava Niče, Laboratoř informatiky a chemie. Zpočátku se Laboratoř soustředila na odborné elektronické publikování v oblasti chemie a garantovala studijní obor “Informatika a chemie”. V září 2010 došlo ke změně na pozici vedoucího, kdy Dr. M. Niče vystřídal doc. Daniel Svozil. S jeho příchodem se zaměření laboratoře změnilo a nyní se pracoviště zabývá výzkumem v oborech bioinformatika, cheminformatika, počítačový návrh léčiv a molekulové modelování. To se odrazilo i v akreditaci Bc. a Mgr. programu “Bioinformatika”, který je na VŠCHT vyučován od akademického roku 2014/2015. V listopadu 2017 byla Laboratoř transformována na Ústav informatiky a chemie. V roce 2019/2020 pak byla zahájena výuka v doktorském studijním programu "Bioinformatika".
[urlnadstranka] => [obrazek] => [iduzel] => 28175 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /home [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [28291] => stdClass Object ( [nazev] => [seo_title] => Lidé [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>Akademičtí pracovníci
 |
doc. Mgr. Daniel Svozil, Ph.D. vedoucí ústavu |
b daniel.svozil at vscht.cz | e 220 444 391 | d Z12a |
 |
tajemník ústavu |
b jiri.jirat at vscht.cz | e 220 444 393 | d Z12c |
 |
PZVT |
b jiri.znamenacek at vscht.cz | e 220 444 393 | d Z12c |
 |
referent BOZP |
b filip.lankas at vscht.cz | e 220 444 392 | d Z12b |
 |
Ing. Petr Čech, Ph.D. | b petr.cech at vscht.cz | e 220 444 378 | d Z10 |
| Mgr. Michal Kolář, Ph.D. | b michal.kolar at vscht.cz |
e 220 442 014 |
||
| Mgr. Jan Pačes, Ph.D. | b jan.paces at vscht.cz |
e 220 442 014 |
||
 |
Ing. Milan Voršilák, Ph. D. | b milan.vorsilak at vscht.cz | e 220 444 379 | d Z11 |
 |
Ing. Ivan Čmelo, Ph.D. | b ivan.cmelo at vscht.cz | e 220 444 379 | d Z11 |
Ph.D. studenti
 |
M.Sc. Isabel Agea | b Maria.Isabel.Agea.Lorente@vscht.cz | e 220 444 393 | d Z12c |
| M.Sc. Paola Staffiere | b staffiep at vscht.cz | |||
| Ing. Kamila Clarová | b kamila.clarova at vscht.cz | |||
 |
M.Sc. Wim Dehaen | b wim.dehaen at vscht.cz | e 220 444 379 | d Z11 |
 |
Ing. Hana Dohnalová |
b hana.dohnalova at vscht.cz |
e 220 442 014 | |
| Ing. František Pešina | b frantisek.pesina at vscht.cz | e 220 442 014 | ||
| Ing. David Příhoda | b david.prihoda at vscht.cz | |||
 |
Ing. Martin Šícho | b martin.sicho at vscht.cz | e 220 444 393 | d Z12c |
DATA
stdClass Object
(
[nazev] => Výzkumné skupiny
[seo_title] => Výzkumné skupiny
[seo_desc] =>
[autor] =>
[autor_email] =>
[obsah] =>
[submenuno] =>
[urlnadstranka] =>
[ogobrazek] =>
[pozadi] =>
[iduzel] => 30349
[platne_od] => 30.11.2016 15:00:00
[zmeneno_cas] => 30.11.2016 15:10:01.352102
[zmeneno_uzivatel_jmeno] => Petr Čech
[canonical_url] => //lich.vscht.cz/skupiny
[idvazba] => 38564
[cms_time] => 1618298243
[skupina_www] => Array
(
)
[slovnik] => Array
(
)
[poduzel] => stdClass Object
(
[30350] => stdClass Object
(
[obsah] =>
[poduzel] => stdClass Object
(
[30351] => stdClass Object
(
[nadpis] =>
[odkaz] => /cheminf
[text_odkazu] => Cheminformatika
[perex] =>
[ikona] => pc
[velikost] => 1
[pozice_x] => 1
[pozice_y] => 1
[barva_pozadi] => zelena
[countdown] =>
[obrazek_pozadi] =>
[iduzel] => 30351
[canonical_url] =>
[skupina_www] => Array
(
)
[url] =>
[sablona] => stdClass Object
(
[class] =>
[html] =>
[css] =>
[js] =>
[autonomni] =>
)
)
[30353] => stdClass Object
(
[nadpis] =>
[odkaz] => /biomodel
[text_odkazu] => Biomolekulární modelování
[perex] =>
[skupina] =>
[ikona] => molekula
[velikost] => 1
[pozice_x] => 2
[pozice_y] => 1
[barva_pozadi] => modra
[countdown] =>
[obrazek_pozadi] =>
[iduzel] => 30353
[canonical_url] =>
[skupina_www] => Array
(
)
[url] =>
[sablona] => stdClass Object
(
[class] =>
[html] =>
[css] =>
[js] =>
[autonomni] =>
)
)
)
[iduzel] => 30350
[canonical_url] =>
[skupina_www] => Array
(
)
[url] =>
[sablona] => stdClass Object
(
[class] =>
[html] =>
[css] =>
[js] =>
[autonomni] =>
)
)
)
[sablona] => stdClass Object
(
[class] => boxy
[html] =>
[css] =>
[js] => $(function() {
setInterval(function () { $('*[data-countdown]').each(function() { CountDownIt('#'+$(this).attr("id")); }); },1000);
setInterval(function () { $('.homebox_slider:not(.stop)').each(function () { slide($(this),true); }); },5000);
});
function CountDownIt(selector) {
var el=$(selector);foo = new Date;
var unixtime = el.attr('data-countdown')*1-parseInt(foo.getTime() / 1000); if(unixtime<0) unixtime=0;
var dnu = 1*parseInt(unixtime / (3600*24)); unixtime=unixtime-(dnu*(3600*24));
var hodin = 1*parseInt(unixtime / (3600)); unixtime=unixtime-(hodin*(3600));
var minut = 1*parseInt(unixtime / (60)); unixtime=unixtime-(minut*(60));
if(unixtime<10) {unixtime='0'+unixtime;}
if(dnu<10) {unixtime='0'+dnu;}
if(hodin<10) {unixtime='0'+hodin;}
if(minut<10) {unixtime='0'+minut;}
el.html(dnu+':'+hodin+':'+minut+':'+unixtime);
}
function slide(el,vlevo) {
if(el.length<1) return false; var leva=el.find('.content').position().left; var sirka=el.width(); var pocet=el.find('.content .homebox').length-1;
var cislo=leva/sirka*-1; if(vlevo) { if(cislo+1>pocet) cislo=0; else cislo++; } else { if(cislo==0) cislo=pocet-1; else cislo--; }
el.find('.content').animate({'left':-1*cislo*sirka});
el.find('.slider_puntiky a').removeClass('selected');
el.find('.slider_puntiky a.puntik'+cislo).addClass('selected');
return false;
}
function slideTo(el,cislo) {
if(el.length<1) return false; var sirka=el.width(); var pocet=el.find('.content .homebox').length-1; if(cislo<0 || cislo>pocet) return false;
el.find('.content').animate({'left':-1*cislo*sirka});
el.find('.slider_puntiky a').removeClass('selected');
el.find('.slider_puntiky a.puntik'+cislo).addClass('selected');
return false;
}
[autonomni] => 1
)
[api_suffix] =>
)