Prosím počkejte chvíli...
stdClass Object
(
    [nazev] => Ústav informatiky a chemie 
    [adresa_url] => 
    [api_hash] => 
    [seo_desc] => 
    [jazyk] => 
    [jednojazycny] => 
    [barva] => 
    [indexace] => 1
    [obrazek] => 
    [ga_force] => 
    [secureredirect] => 
    [google_verification] => UOa3DCAUaJJ2C3MuUhI9eR1T9ZNzenZfHPQN4wupOE8
    [ga_account] => UA-10822215-6
    [ga_domain] => 
    [gtm_id] => 
    [gt_code] => 
    [kontrola_pred] => 
    [omezeni] => 
    [pozadi1] => 
    [pozadi2] => 
    [pozadi3] => 
    [pozadi4] => 
    [pozadi5] => 
    [robots] => 
    [htmlheaders] => 
    [iduzel] => 28159
    [platne_od] => 27.10.2017 17:22:00
    [zmeneno_cas] => 27.10.2017 17:22:50.871272
    [zmeneno_uzivatel_jmeno] => Jan Kříž
    [canonical_url] => 
    [idvazba] => 47447
    [cms_time] => 1634531129
    [skupina_www] => Array
        (
        )

    [slovnik] => stdClass Object
        (
            [logo_href] => /
            [logo] => Logo Ústavu informatiky a chemie
            [logo_mobile_href] => /
            [logo_mobile] => Logo Ústavu informatiky a chemie
            [google_search] => 001523547858480163194:u-cbn29rzve
            [social_fb_odkaz] => https://cs-cz.facebook.com/studuj.bioinformatiku/
            [social_tw_odkaz] => 
            [social_yt_odkaz] => 
            [intranet_odkaz] => //intranet.vscht.cz/
            [intranet_text] => Intranet 
            [mobile_over_nadpis_menu] => Menu
            [mobile_over_nadpis_search] => Hledání
            [mobile_over_nadpis_jazyky] => Jazyky
            [mobile_over_nadpis_login] => Přihlášení
            [menu_home] => Domovská stránka
            [paticka_mapa_odkaz] => /kontakt
            [paticka_budova_a_nadpis] => BUDOVA A
            [paticka_budova_a_popis] => Rektorát, oddělení komunikace, pedagogické oddělení, děkanát FCHT, centrum informačních služeb
            [paticka_budova_b_nadpis] => BUDOVA B
            [paticka_budova_b_popis] => Věda a výzkum, děkanát FTOP, děkanát FPBT, děkanát FCHI, výpočetní centrum, zahraniční oddělení, kvestor
            [paticka_budova_c_nadpis] => BUDOVA C
            [paticka_budova_c_popis] => Dětský koutek Zkumavka, praktický lékař, katedra ekonomiky a managementu, ústav matematiky
            [paticka_budova_1_nadpis] => NÁRODNÍ TECHNICKÁ KNIHOVNA
            [paticka_budova_1_popis] =>  
            [paticka_budova_2_nadpis] => STUDENTSKÁ KAVÁRNA CARBON
            [paticka_budova_2_popis] =>  
            [paticka_adresa] => VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČO: 60461373
DIČ: CZ60461373

Datová schránka: sp4j9ch

Copyright VŠCHT Praha
Za informace odpovídá Oddělení komunikace, technický správce Výpočetní centrum
[paticka_odkaz_mail] => mailto:lich@vscht.cz [zobraz_desktop_verzi] => Zobrazit plnou verzi [social_fb_title] => Facebook Bioinformatika [social_tw_title] => [social_yt_title] => [aktualizovano] => Aktualizováno [autor] => Autor [drobecky] => Nacházíte se: VŠCHT PrahaFCHTLICH [preloader] => Prosím počkejte chvíli... [more_info] => [zobraz_mobilni_verzi] => [nepodporovany_prohlizec] => [social_in_odkaz] => [hledani_nadpis] => hledání [hledani_nenalezeno] => Nenalezeno... [hledani_vyhledat_google] => vyhledat pomocí Google [social_li_odkaz] => ) [poduzel] => stdClass Object ( [28161] => stdClass Object ( [obsah] => [poduzel] => stdClass Object ( [28167] => stdClass Object ( [obsah] => [iduzel] => 28167 [canonical_url] => //lich.vscht.cz [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => [html] => [css] => [js] => [autonomni] => ) ) [28165] => stdClass Object ( [obsah] => [iduzel] => 28165 [canonical_url] => //lich.vscht.cz [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => [html] => [css] => [js] => [autonomni] => ) ) [28166] => stdClass Object ( [obsah] => [iduzel] => 28166 [canonical_url] => //lich.vscht.cz [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => [html] => [css] => [js] => [autonomni] => ) ) ) [iduzel] => 28161 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => [html] => [css] => [js] => [autonomni] => ) ) [28162] => stdClass Object ( [obsah] => [poduzel] => stdClass Object ( [28301] => stdClass Object ( [nazev] => Cheminformatika [seo_title] => Cheminformatika [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Vedoucí skupiny

  

 

Prof. Mgr. Daniel Svozil, Ph.D.

 
b  daniel.svozil@vscht.cz

e  220 444 391

d  Z12a

 

Členové týmu

      Výzkumní pracovníci

            Ing. Petr Čech, Ph.D.

            Ing. Ivan Čmelo, Ph. D.

            Ing. Milan Voršilák, Ph. D.


      Ph.D. studenti

            M.Sc. Isabel Agea

            M.Sc. Paola Staffiere 

            Ing. Kamila Clarová

            M.Sc. Wim Dehaen   

            Mgr. František Pešina

            Ing. David Příhoda

            Ing. Martin Šícho


Publikace

Software

Cheminformatika se zabývá použitím výpočetních technik pro pochopení vztahů mezi biologickou aktivitou a strukturou organické sloučeniny. Cheminformatika je mezioborová disciplína kloubící dohromady chemii, statistiku, informatiku a molekulární biologii.

 

V naší skupině se zabýváme návrhem a analýzou struktur organických sloučenin za účelem nalezení látek vykazujících definovaný biologický efektÚzce spolupracujeme s Oddělením buněčné diferenciace Dr. P. Bartůňka z Ústavu molekulární genetiky AV ČR. V rámci této spolupráce se zabýváme výzkumem úlohy jaderných receptorů s cílem prohloubit  naše znalosti o příčinách vzniku nádorových onemocnění a o možnostech jejich prevence a léčby.

 

Oddělení buněčné diferenciace provozuje Národní infrastrukturu chemické biologie CZ-OPENSCREEN, která je národním uzlem evropské infrastruktury EU-OPENSCREEN. Naše skupina je, jako jeden ze členů této infrastruktury, zodpovědná za oblast cheminformatiky a analýzy dat. Zapojení v infrastruktuře chemické biologie nám zajištuje přístup k zajímavým evropským projektům a trvalý zdroj financování našich výzkumných aktivit.

[urlnadstranka] => [ogobrazek] => [pozadi] => [iduzel] => 28301 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /cheminf [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [38812] => stdClass Object ( [nazev] => Informace o studiu [seo_title] => Informace o studiu [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Od akademického roku 2014/2015 provozujeme bakalářský a magisterský program  "Bioinformatika". V akademickém roce 2019/2020 pak k nabídce přibyl též stejnojmenný doktorský program. Abychom studentům nabídli co nejkvalitnější vzdělání, spojili jsme se při zajišťování oboru s našimi kolegy z dalších akademických pracovišť.

  • Předměty přírodovědného základu jsou vyučovány zde na VŠCHT.
  • Informatiku zajišťuje FIT ČVUT.
  • Specializované bioinformatické přednášky v magisterském studiu zajišťují bioinformatické laboratoře působící na ÚMG a ÚOCHB AV ČR.

Přednášející z těchto pracovišť též vypisují bakalářské, diplomové a dizertační práce, což nám umožňuje nabízet témata z mnoha různých oblastí. Řešené práce pokrývají především problematiku z

  • bioinformatiky
  • systémové biologie
  • cheminformatiky
  • počítačového návrhu léčiv
  • molekulového modelování biologických systémů
[urlnadstranka] => [obrazek] => [iduzel] => 38812 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /studium [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [30349] => stdClass Object ( [nazev] => Výzkumné skupiny [seo_title] => Výzkumné skupiny [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] => [iduzel] => 30349 [canonical_url] => //lich.vscht.cz/skupiny [skupina_www] => Array ( ) [url] => /skupiny [sablona] => stdClass Object ( [class] => boxy [html] => [css] => [js] => $(function() { setInterval(function () { $('*[data-countdown]').each(function() { CountDownIt('#'+$(this).attr("id")); }); },1000); setInterval(function () { $('.homebox_slider:not(.stop)').each(function () { slide($(this),true); }); },5000); }); function CountDownIt(selector) { var el=$(selector);foo = new Date; var unixtime = el.attr('data-countdown')*1-parseInt(foo.getTime() / 1000); if(unixtime<0) unixtime=0; var dnu = 1*parseInt(unixtime / (3600*24)); unixtime=unixtime-(dnu*(3600*24)); var hodin = 1*parseInt(unixtime / (3600)); unixtime=unixtime-(hodin*(3600)); var minut = 1*parseInt(unixtime / (60)); unixtime=unixtime-(minut*(60)); if(unixtime<10) {unixtime='0'+unixtime;} if(dnu<10) {unixtime='0'+dnu;} if(hodin<10) {unixtime='0'+hodin;} if(minut<10) {unixtime='0'+minut;} el.html(dnu+':'+hodin+':'+minut+':'+unixtime); } function slide(el,vlevo) { if(el.length<1) return false; var leva=el.find('.content').position().left; var sirka=el.width(); var pocet=el.find('.content .homebox').length-1; var cislo=leva/sirka*-1; if(vlevo) { if(cislo+1>pocet) cislo=0; else cislo++; } else { if(cislo==0) cislo=pocet-1; else cislo--; } el.find('.content').animate({'left':-1*cislo*sirka}); el.find('.slider_puntiky a').removeClass('selected'); el.find('.slider_puntiky a.puntik'+cislo).addClass('selected'); return false; } function slideTo(el,cislo) { if(el.length<1) return false; var sirka=el.width(); var pocet=el.find('.content .homebox').length-1; if(cislo<0 || cislo>pocet) return false; el.find('.content').animate({'left':-1*cislo*sirka}); el.find('.slider_puntiky a').removeClass('selected'); el.find('.slider_puntiky a.puntik'+cislo).addClass('selected'); return false; } [autonomni] => 1 ) ) [28317] => stdClass Object ( [nazev] => Jak se k nám dostanete [seo_title] => Jak se k nám dostanete [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

1. Vstupte do budovy B bočním vchodem z ulice Studentská.

2. Za turnikety jděte vpravo.

3. Projděte chodbou stále rovně až na dvůr.

4. Ze dvora vstupte do budovy prvními dveřmi po pravé straně.

5. Jděte schodištěm do druhého patra.

6. Jděte vlevo až na konec chodby, dveře Z B2 - 364.

[urlnadstranka] => [obrazek] => [ogobrazek] => [pozadi] => [iduzel] => 28317 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /mapa [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [28303] => stdClass Object ( [nazev] => Software [seo_title] => Software [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] => [iduzel] => 28303 [canonical_url] => //lich.vscht.cz/software [skupina_www] => Array ( ) [url] => /software [sablona] => stdClass Object ( [class] => boxy [html] => [css] => [js] => $(function() { setInterval(function () { $('*[data-countdown]').each(function() { CountDownIt('#'+$(this).attr("id")); }); },1000); setInterval(function () { $('.homebox_slider:not(.stop)').each(function () { slide($(this),true); }); },5000); }); function CountDownIt(selector) { var el=$(selector);foo = new Date; var unixtime = el.attr('data-countdown')*1-parseInt(foo.getTime() / 1000); if(unixtime<0) unixtime=0; var dnu = 1*parseInt(unixtime / (3600*24)); unixtime=unixtime-(dnu*(3600*24)); var hodin = 1*parseInt(unixtime / (3600)); unixtime=unixtime-(hodin*(3600)); var minut = 1*parseInt(unixtime / (60)); unixtime=unixtime-(minut*(60)); if(unixtime<10) {unixtime='0'+unixtime;} if(dnu<10) {unixtime='0'+dnu;} if(hodin<10) {unixtime='0'+hodin;} if(minut<10) {unixtime='0'+minut;} el.html(dnu+':'+hodin+':'+minut+':'+unixtime); } function slide(el,vlevo) { if(el.length<1) return false; var leva=el.find('.content').position().left; var sirka=el.width(); var pocet=el.find('.content .homebox').length-1; var cislo=leva/sirka*-1; if(vlevo) { if(cislo+1>pocet) cislo=0; else cislo++; } else { if(cislo==0) cislo=pocet-1; else cislo--; } el.find('.content').animate({'left':-1*cislo*sirka}); el.find('.slider_puntiky a').removeClass('selected'); el.find('.slider_puntiky a.puntik'+cislo).addClass('selected'); return false; } function slideTo(el,cislo) { if(el.length<1) return false; var sirka=el.width(); var pocet=el.find('.content .homebox').length-1; if(cislo<0 || cislo>pocet) return false; el.find('.content').animate({'left':-1*cislo*sirka}); el.find('.slider_puntiky a').removeClass('selected'); el.find('.slider_puntiky a.puntik'+cislo).addClass('selected'); return false; } [autonomni] => 1 ) ) [28302] => stdClass Object ( [nazev] => Biomolekulární modelování [seo_title] => Biomolekulární modelování [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Vedoucí skupiny

  

 

doc. Ing. Filip Lankaš, Ph.D.

 
b  filip.lankas@vscht.cz

e  220 444 392

d  Z12b

 

Členové týmu

  

Mgr. Tomáš Dršata, Ph.D.

Ing. Hana Dohnalová

Ing. Eva Matoušková

Bc. Lucie Červenková

 

  

Hledáme nové kolegy na všech stupních studia.

 

Publikace

 

Výuka

Naše výzkumná skupina se zaměřuje na teorii a počítačové modelování struktury, dynamiky a mechanických vlastností nukleových kyselin. Molekuly DNA a RNA modelujeme na různých délkových a časových škálách, parametry modelů pak stanovujeme z dat získaných rozsáhlými simulacemi molekulové dynamiky. Výsledky aplikujeme na problémy z oblasti molekulární biologie, biofyziky a návrhu umělých molekulárních nanostruktur. Skupina disponuje výpočetní kapacitou pro rozsáhlé simulace i zpracování dat. Jsme rovněž zapojeni do společných projektů s českými a zahraničními vědeckými pracovišti.

 

Zabýváme se dvěma okruhy témat.

  

Sekvenčné závislá struktura a elasticita DNA. Detailní prostorová struktura a mechanická tuhost  (elasticita, flexibilita) dvoušroubovice DNA závisí na sekvenci bazí, jimiž je tvořena. Tuto vlastnost využívají mnohé proteiny (např. transkripční faktory) pro sekvenčně specifickou vazbu k DNA - protein se preferenčně váže k takové sekvenci, jejích prostorová konfigurace a flexibilita jsou příznivé pro tvorbu komplexu. Naším cílem je vyvinout spolehlivé modely, které přiřadí dané sekvenci její tvar a flexibilitu. Tuto informaci lze pak využít pro predikci prostorové struktury genomu, vazebných míst proteinů a malých molekul i v procesu návrhu nanostruktur DNA. Samostatný výzam má pak stanovení vlastností DNA poškozené následkem UV záření.

 

 

Dynamika a mechanické vlastnosti strukturních motivů RNA. Molekuly RNA jsou strukturně velmi bohaté - kromě dvoušroubovice se sbalují do různých nehelikálních strukturních motivů, které příroda opakovaně využívá. Např. v ribosomu, makromolekulárním komplexu syntetizujícím proteiny, funkčně spolupracují rigidní i flexibilní motivy. Tyto motivy tvoří také stavební prvky umělých nanostruktur, jejichž návrh i aplikace se v současnosti prudce rozvíjejí. Výhodou nanostruktur RNA je možnost jejich syntézy přímo v buňce, bez nutnosti přechodu přes buněčnou membránu. Našim cílem je vyvinout vhodné modely a stanovit jejich parametry tak, abychom popsali strukturní dynamiku a mechanické vlastnosti důležitých motivů. To přispěje jednak k pochopení biologické funkce jejich komplexů, jako je ribosom, jednak k racionalizaci návrhu nanostruktur RNA.

 

[urlnadstranka] => [ogobrazek] => [pozadi] => [iduzel] => 28302 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /biomodel [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [10947] => stdClass Object ( [nazev] => Přístup odepřen (chyba 403) [seo_title] => Přístup odepřen [seo_desc] => Chyba 403 [autor] => [autor_email] => [perex] => [ikona] => zamek [obrazek] => [obsah] =>

Nemáte přístup k obsahu stránky.

Zkontrolujte, zda jste v síti VŠCHT Praha, nebo se přihlaste (v pravém horním rohu stránek).

[urlnadstranka] => [iduzel] => 10947 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /[error403] [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka_ikona [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [1485] => stdClass Object ( [nazev] => Stránka nenalezena [seo_title] => Stránka nenalezena (chyba 404) [seo_desc] => Chyba 404 [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Požadovaná stránka se na webu (již) nenachází. Kontaktuje prosím webmastera a upozorněte jej na chybu.

Pokud jste změnili jazyk stránek, je možné, že požadovaná stránka v překladu neexistuje. Pro pokračování prosím klikněte na home.  

Děkujeme!

[urlnadstranka] => [iduzel] => 1485 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /[error404] [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [28175] => stdClass Object ( [nazev] => O ústavu [seo_title] => Úvod [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

V roce 2002 byla na VŠCHT Praha založena, iniciativou Dr. Miloslava Niče, Laboratoř informatiky a chemie. Zpočátku se Laboratoř soustředila na odborné elektronické publikování v oblasti chemie a garantovala studijní obor “Informatika a chemie”. V září 2010 došlo ke změně na pozici vedoucího, kdy Dr. M. Niče vystřídal doc. Daniel Svozil. S jeho příchodem se zaměření laboratoře změnilo a nyní se pracoviště zabývá výzkumem v oborech bioinformatika, cheminformatika, počítačový návrh léčiv a molekulové modelování. To se odrazilo i v akreditaci Bc. a Mgr. programu  “Bioinformatika”, který je  na VŠCHT vyučován od akademického roku 2014/2015. V listopadu  2017 byla Laboratoř transformována na Ústav informatiky a chemie. V roce 2019/2020 pak byla zahájena výuka v doktorském studijním programu "Bioinformatika".

[urlnadstranka] => [obrazek] => [iduzel] => 28175 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /home [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [28291] => stdClass Object ( [nazev] => [seo_title] => Lidé [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Akademičtí pracovníci

Prof. Daniel Svozil, Ph.D.

vedoucí ústavu

b  daniel.svozil at vscht.cz e 220 444 391 d  Z12a

Ing. Jiří Jirát, Ph.D.

tajemník ústavu

b   jiri.jirat at vscht.cz e   220 444 393 d   Z12c

Ing. Jiří Znamenáček

PZVT

b   jiri.znamenacek at vscht.cz e   220 444 393 d   Z12c

doc. Ing. Filip Lankaš, Ph.D.

referent BOZP

b   filip.lankas at vscht.cz e   220 444 392 d   Z12b
Ing. Petr Čech, Ph.D. b   petr.cech at vscht.cz e   220 444 378 d   Z10
  Mgr. Michal Kolář, Ph.D. b   michal.kolar at vscht.cz

e   220 442 014

 
  Mgr. Jan Pačes, Ph.D. b   jan.paces at vscht.cz

e   220 442 014

 
Ing. Milan Voršilák, Ph. D. b   milan.vorsilak at vscht.cz e   220 444 379 d   Z11
Ing. Ivan Čmelo, Ph.D. b   ivan.cmelo at vscht.cz e   220 444 379 d   Z11

 

Ph.D. studenti

M.Sc. Isabel Agea b  Maria.Isabel.Agea.Lorente@vscht.cz e   220 444 393 d   Z12c
M.Sc. Paola Staffiere b  staffiep at vscht.cz
  Ing. Kamila Clarová b   kamila.clarova at vscht.cz    
M.Sc. Wim Dehaen b   wim.dehaen at vscht.cz e   220 444 379 d   Z11
Ing. Hana Dohnalová

b   hana.dohnalova at vscht.cz

e   220 442 014  
  Ing. František Pešina b   frantisek.pesina at vscht.cz  e   220 442 014  
  Ing. David Příhoda b   david.prihoda at vscht.cz    
Ing. Martin Šícho b   martin.sicho at vscht.cz e   220 444 393 d   Z12c
[submenuno] => 1 [urlnadstranka] => [ogobrazek] => [pozadi] => [iduzel] => 28291 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /lide [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) ) [iduzel] => 28162 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => [html] => [css] => [js] => [autonomni] => ) ) [519] => stdClass Object ( [nadpis] => [data] => [poduzel] => stdClass Object ( [52801] => stdClass Object ( [nadpis] => [apiurl] => https://cis-web.vscht.cz/zaverecne-prace/pracoviste/ [urlwildcard] => cis-path [iduzel] => 52801 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /pracoviste [sablona] => stdClass Object ( [class] => api_html [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [52789] => stdClass Object ( [nadpis] => [apiurl] => https://cis-web.vscht.cz/zaverecne-prace/program/ [urlwildcard] => cis-path [iduzel] => 52789 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /program [sablona] => stdClass Object ( [class] => api_html [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [52797] => stdClass Object ( [nadpis] => [apiurl] => https://cis-web.vscht.cz/programy/studijni-plan/ [urlwildcard] => cis-path [iduzel] => 52797 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /studijni-plan [sablona] => stdClass Object ( [class] => api_html [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [52796] => stdClass Object ( [nadpis] => [apiurl] => https://cis-web.vscht.cz/zaverecne-prace/ [urlwildcard] => cis-path [iduzel] => 52796 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /zaverecne-prace [sablona] => stdClass Object ( [class] => api_html [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [44911] => stdClass Object ( [nadpis] => [apiurl] => https://cis-web.vscht.cz/redirect/ [urlwildcard] => cis-path [iduzel] => 44911 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => api_html [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 0 ) ) [45623] => stdClass Object ( [nadpis] => [apiurl] => https://cis-staff.vscht.cz/studijni-plan/ [urlwildcard] => cis-path [iduzel] => 45623 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /studijni-system-plan-pdf [sablona] => stdClass Object ( [class] => api_html [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [44910] => stdClass Object ( [nadpis] => [apiurl] => https://cis-web.vscht.cz/programy/ [urlwildcard] => cis-path [iduzel] => 44910 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /programy [sablona] => stdClass Object ( [class] => api_html [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [30128] => stdClass Object ( [nadpis] => [apiurl] => https://cis-web-test.vscht.cz/redirect/ [urlwildcard] => cis-path [iduzel] => 30128 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => api_html [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 0 ) ) [30011] => stdClass Object ( [nadpis] => [apiurl] => https://cis-web-test.vscht.cz/studijni-system/ [urlwildcard] => cis-path [iduzel] => 30011 [canonical_url] => //study.vscht.cz/studijni-system [skupina_www] => Array ( ) [url] => /studijni-system [sablona] => stdClass Object ( [class] => api_html [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [28344] => stdClass Object ( [nadpis] => [apiurl] => https://cis-web-test.vscht.cz/studijni-system/obory/U/sitemap/lang/cs [urlwildcard] => [iduzel] => 28344 [canonical_url] => //study.vscht.cz/obory_sitemap_cs.xml [skupina_www] => Array ( ) [url] => /obory_sitemap_cs.xml [sablona] => stdClass Object ( [class] => api_html [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [30344] => stdClass Object ( [nadpis] => [apiurl] => https://cis-web-test.vscht.cz/studijni-system/obory/U/sitemap/lang/en/foreigner [urlwildcard] => [iduzel] => 30344 [canonical_url] => //study.vscht.cz/obory_sitemap_foreigner.xml [skupina_www] => Array ( ) [url] => /obory_sitemap_foreigner.xml [sablona] => stdClass Object ( [class] => api_html [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) ) [iduzel] => 519 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => [html] => [css] => [js] => [autonomni] => ) ) ) [sablona] => stdClass Object ( [class] => web [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) [api_suffix] => )

DATA


stdClass Object
(
    [nazev] => Cheminformatika
    [seo_title] => Cheminformatika
    [seo_desc] => 
    [autor] => 
    [autor_email] => 
    [obsah] => 

Vedoucí skupiny

  

 

Prof. Mgr. Daniel Svozil, Ph.D.

 
b  daniel.svozil@vscht.cz

e  220 444 391

d  Z12a

 

Členové týmu

      Výzkumní pracovníci

            Ing. Petr Čech, Ph.D.

            Ing. Ivan Čmelo, Ph. D.

            Ing. Milan Voršilák, Ph. D.


      Ph.D. studenti

            M.Sc. Isabel Agea

            M.Sc. Paola Staffiere 

            Ing. Kamila Clarová

            M.Sc. Wim Dehaen   

            Mgr. František Pešina

            Ing. David Příhoda

            Ing. Martin Šícho


Publikace

Software

Cheminformatika se zabývá použitím výpočetních technik pro pochopení vztahů mezi biologickou aktivitou a strukturou organické sloučeniny. Cheminformatika je mezioborová disciplína kloubící dohromady chemii, statistiku, informatiku a molekulární biologii.

 

V naší skupině se zabýváme návrhem a analýzou struktur organických sloučenin za účelem nalezení látek vykazujících definovaný biologický efektÚzce spolupracujeme s Oddělením buněčné diferenciace Dr. P. Bartůňka z Ústavu molekulární genetiky AV ČR. V rámci této spolupráce se zabýváme výzkumem úlohy jaderných receptorů s cílem prohloubit  naše znalosti o příčinách vzniku nádorových onemocnění a o možnostech jejich prevence a léčby.

 

Oddělení buněčné diferenciace provozuje Národní infrastrukturu chemické biologie CZ-OPENSCREEN, která je národním uzlem evropské infrastruktury EU-OPENSCREEN. Naše skupina je, jako jeden ze členů této infrastruktury, zodpovědná za oblast cheminformatiky a analýzy dat. Zapojení v infrastruktuře chemické biologie nám zajištuje přístup k zajímavým evropským projektům a trvalý zdroj financování našich výzkumných aktivit.

[submenuno] => [urlnadstranka] => [ogobrazek] => [pozadi] => [iduzel] => 28301 [platne_od] => 06.07.2021 10:32:00 [zmeneno_cas] => 06.07.2021 10:32:45.815768 [zmeneno_uzivatel_jmeno] => Daniel Svozil [canonical_url] => [idvazba] => 41195 [cms_time] => 1634531129 [skupina_www] => Array ( ) [slovnik] => Array ( ) [poduzel] => stdClass Object ( [30219] => stdClass Object ( [nazev] => Publikace [seo_title] => Publikace [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Tato sekce obsahuje seznam prací publikovaných v rámci výzkumné skupiny Cheminformatika. Publikace jednotlivých členů výzkumné skupiny Cheminformatika je možné nalézt v jejich ORCID záznamech.

Jméno a příjmení ID
Daniel Svozil

ORCID: 0000-0003-2577-5163

ResearcherID: D-4407-2009

Scopus ID: 7801389117

Petr Čech ORCID: 0000-0003-4605-6029 
Ivan Čmelo ORCID: 0000-0001-7787-8653 
Martin Šícho ORCID: 0000-0002-8771-1731 
Milan Voršilák ORCID: 0000-0002-8923-1627 
Isabel Agea ORCID: 0000-0002-3017-7742 
Paola Staffiere ORCID: 0000-0003-1961-7302 
David Příhoda ORCID: 0000-0003-0083-7428 
Kamila Clarová ORCID: 0000-0002-3641-2571 
Wim Dehaen ORCID: 0000-0001-6979-5508 
František Pešina ORCID: 0000-0002-8116-6891 



2021

42. Wilm A, Norinder U, Agea MI, de Bruyn Kops C, Stork C, Kühnl J, Kirchmair J. Skin Doctor CP: Conformal Prediction of the Skin Sensitization Potential of Small Organic Molecules. Chem Res Toxicol. 2021 Feb 15;34(2):330-344. DOI: 10.1021/acs.chemrestox.0c00253

41. de Bruyn Kops C, Šícho M, Mazzolari A, Kirchmair J. GLORYx: Prediction of the Metabolites Resulting from Phase 1 and Phase 2 Biotransformations of Xenobiotics. Chem Res Toxicol. 2021 Feb 15;34(2):286-299. DOI: 10.1021/acs.chemrestox.0c00224

40. Čmelo I, Voršilák M, Svozil D. Profiling and analysis of chemical compounds using pointwise mutual information. J Cheminform. 2021 Jan 10;13(1):3. DOI10.1186/s13321-020-00483-y

2020

39. Prihoda D, Maritz JM, Klempir O, Dzamba D, Woelk CH, Hazuda DJ, Bitton DA, Hannigan GD. The application potential of machine learning and genomics for understanding natural product diversity, chemistry, and therapeutic translatability. Nat Prod Rep. 2020 Nov 27. DOI: 10.1039/d0np00055h

38. Jurásek B., Čmelo I., Svoboda J. Čejka J., Svozil D., Kuchař M. New psychoactive substances on dark web markets: from deal solicitation to forensic analysis of purchased substances. Drug  Testing and Analysis 13 (1) 156-168 2020. DOI10.1002/dta.2901

37. Jurásek B., Bartůněk V., Huber Š., Fagan P., Setnička V., Králík F., Dehaen W., Svozil D., Kuchař M. Can X-Ray Powder Diffraction Be a Suitable Forensic Method for Illicit Drug Identification? Frontiers in Chemistry 8:499 2020. DOI10.3389/fchem.2020.00499

36. Cortés-Ciriano I., Škuta C., Bender A., Svozil D. QSAR-derived affinity fingerprints (part 2): modeling performance for potency prediction. Journal of Cheminformatics 12:41 2020. DOI10.1186/s13321-020-00444-5

35. Škuta C., Cortés-Ciriano I., Dehaen W., Kříž P., van Westen G. J. P., Tetko I. V., Bender A., Svozil D. QSAR-derived affinity fingerprints (part 1): fingerprint construction and modeling performance for similarity searching, bioactivity classification and scaffold hopping. Journal of Cheminformatics 12:39 2020. DOI10.1186/s13321-020-00443-6

34. Voršilák M., Kolář M., Čmelo I., Svozil D. SYBA: Bayesian estimation of synthetic accessibility of organic compounds. Journal of Cheminformatics 12:35 2020. DOI10.1186/s13321-020-00439-2

33. Stork C., Embruch B.,Šícho M., de Bruyn Kops C., Chen Y., Svozil D., Kirchmair J. NERDD: A web portal providing access to in silico tools for drug discovery. Bioinformatics 36 (4) 1291-1292 2020. DOI: 10.1093/bioinformatics/btz695

2019

32. Hannigan GD, Prihoda D, Palicka A, Soukup J, Klempir O, Rampula L, Durcak J, Wurst M, Kotowski J, Chang D, Wang R, Piizzi G, Temesi G, Hazuda DJ, Woelk CH, Bitton DA. A deep learning genome-mining strategy for biosynthetic gene cluster prediction. Nucleic Acids Res. 2019 Oct 10;47(18):e110. DOI: 10.1093/nar/gkz654

31. Šícho M., Stork C., Mazzolari A., de Bruyn Kops C., Pedretti A., Testa B., Vistoli G., Svozil D., Kirchmair J. FAME 3: Predicting the Sites of Metabolism in Synthetic Compounds and Natural Products for Phase 1 and Phase 2 Metabolic Enzymes. Journal of Chemical Information and Modelling 59 (8) 3400-3412 2019. DOI: 10.1021/acs.jcim.9b00376

30. de Bruyn Kops C., Stork C., Šícho M., Kochev N., Svozil D., Jeliazkova N., Kirchmair J. GLORY: Generator of the Structures of Likely Cytochrome P450 Metabolites Based on Predicted Sites of Metabolism. Frontiers in Chemistry 7:402 2019. DOI10.3389/fchem.2019.00402

29. Stork C, Chen Y, Šícho M, Kirchmair J. Hit Dexter 2.0: Machine-Learning Models for the Prediction of Frequent Hitters. J Chem Inf Model. 2019 Mar 25;59(3):1030-1043. DOI: 10.1021/acs.jcim.8b00677

2018

28. Voršilák M., Svozil D., Comment on "The power metric: a new statistically robust enrichment-type metric for virtual screening applications with early recovery capability". Journal of Cheminformatics 10:13 2018. DOI: 10.1186/s13321-018-0267-x

27. Schneider B., Božíková P., Nečasová I., Čech P.,  Svozil D., Černý J., A DNA structural alphabet provides new insight into DNA flexibility. Acta Cryst. D 74 52-64 2018. DOI10.1107/S2059798318000050

2017

  • V listopadu 2017 vyšlo zvláštní číslo Chemických listů věnované počítačovému návrhu léčiv. Autoři deseti článků pochází z našeho pracoviště a z Ústavu molekulární genetiky AV ČR. Články jsou v českém jazyce, zde je seznam příspěvků, na kterých jsme se autorsky podíleli:
    1. Úvodník: Svozil D., Bartůněk P., Computer Design of Drugs - Revaluated or Usable Helpers? Chemické listy 111 (11) 709-709 2017.
    2. Jirát J., Svozil D.,  Linear Representation of Chemical Structures. Chemické listy 111 (11) 710-715 2017.
    3. Novotný J., Svozil D., Characterization and Similarity Measurement of Molecules Using Molecular Descriptors? Chemické listy 111 (11) 716-723 2017.
    4. Čmelo I., Svozil D., Chemical Space. Chemické listy 111 (11) 724-730 2017.
    5. Svozil D., Virtual Screening. Chemické listy 111 (11) 738-746 2017.
    6. Škuta C., Svozil D., QSAR – Modelling of Quantitative Relations between Structure and Activity of Chemical Compounds. Chemické listy 111 (11) 747-753 2017.
    7. Šícho M., Svozil D., Molecular Docking as a Tool to Virtually Develop Drugs. Chemické listy 111 (11) 754-759 2017.
    8. Voršilák M., Svozil D., Estimation of Synthetic Accessibility during Computational Drug Design. Chemické listy 111 (11) 760-765 2017.

26. Schneider B., Božíková P., Čech P.,  Svozil D., Černý J., A DNA Structural Alphabet Distinguishes Structural Features of DNA Bound to Regulatory Proteins and in the Nucleosome Core Particle. Genes 8 (10) 278 2017. DOI: 10.3390/genes8100278

25. Šícho M., de Bruyn Kops C., Stork C., Svozil D., Kirchmair J., FAME 2: Simple and Effective Machine Learning Model of Cytochrome P450 Regioselectivity. Journal of Chemical Information and Modelling 57 (8) 1832-1846 2017. DOI: 10.1021/acs.jcim.7b00250

24. Škuta C., Popr M. Muller T., Jindřich J., Kahle M., Sedlák D., Svozil D., Bartůněk P., Probes & Drugs portal: an interactive, open data resource for chemical biology. Nature Methods 14 (8) 758-759 2017. DOI: 10.1038/nmeth.4365 

23. Voršilák M., Svozil D., Nonpher: computational method for design of hard-to-synthesize structures. Journal of Cheminformatics 9:20 2017. DOI: 10.1186/s13321-017-0206-2

2015

22. Čech P., Hoksza D., Svozil D.: MultiSETTER: web server for multiple RNA structure comparison. BMC Bioinformatics 16 : 253 2015. DOI10.1186/s12859-015-0696-8

21. Hoksza D., Svozil D.: Multiple 3D RNA structure superposition using neighbor joining. IEEE IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 12 (3): 520-530 2015. DOI10.1109/TCBB.2014.2351810

2014

20. Škuta C., Bartůněk P., Svozil D.: InCHlib - interactive cluster heatmap for web applications. Journal of Cheminformatics 6 : 44 2014. DOI: 10.1186/s13321-014-0044-4

19. Hoksza D., Škoda P., Voršilák M., Svozil D.: Molpher: a software framework for systematic chemical space exploration. Journal of Cheminformatics 6 : 7 2014. DOI: 10.1186/1758-2946-6-7

18. Schneider B., Černý J., Svozil D., Čech P., Gelly J.-P., de Brevern A. G.: Bioinformatic analysis of the protein/DNA interface. Nucleic Acids Reasearch 42 (5): 3381-3394 2014. DOI10.1093/nar/gkt1273

2013

17. Hoksza D., Szepe P., Svozil D., MultiSETTER - Multiple RNA Structure Similarity Algorithm. 8th Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB) 2013, Recife, Brazil, ISBN 978-3-319-02623-7, pp. 59-70, Advances in Bioinformatics and Computational Biology, LNCS 8213, Springer. DOI: 10.1007/978-3-319-02624-4_6

16. Čech P., Kukal J., Černý J., Schneider B., Svozil D.: Automatic workflow for the classification of local DNA conformations. BMC Bioinformatics 14: 205 2013. DOI: 10.1186/1471-2105-14-205

15. Mládek A., Krepl M., Svozil D., Čech P., Otyepka M., Banáš P., Zgarbová M., Jurečka P., Šponer J.: Benchmark quantum-chemical calculations on a complete set of rotameric families of the DNA sugar-phosphate backbone and their comparison with modern density functional theory. Physical Chemistry Chemical Physics 15 (19): 7295-7310 2013. DOI10.1039/C3CP44383C

14. Jirát J., Čech P., Znamenáček J., Šimek M., Škuta C., Vaněk T., Dibuszová E., Nic M., Svozil D..: Developing and Implementing a Combined Chemistry and Informatics Curriculum for Undergraduate and Graduate Students in the Czech Republic. Journal of Chemical Education 90 (3): 315-319 2013. DOI: 10.1021/ed3001446

2012

13. Šponer J., Mládek A., Šponer J. E., Svozil D., Zgarbová M., Banáš P., Jurečka P., Otyepka M., The DNA and RNA sugar–phosphate backbone emerges as the key player. An overview of quantum-chemical, structural biology and simulation studies. Physical Chemistry Chemical Physics 14 (44): 15257-15277 2012. DOI10.1039/c2cp41987d

12. Banáš P., Mládek A., Otyepka M., Zgarbová M., Jurečka P., Svozil D., Lankaš F., Šponer J., Can We Accurately Describe the Structure of Adenine Tracts in B-DNA? Reference Quantum-Chemical Computations Reveal Overstabilization of Stacking by Molecular Mechanics. Journal of Chemical Theory and Computation 8 (7): 2448-2460 2012. DOI: 10.1021/ct3001238

11. Šponer J., Morgado C. A., Svozil D.: Comment on "Computational Model for Predicting Experimental RNA and DNA Nearest-Neighbor Free Energy Rankings". Journal of Physical Chemistry B 116 (28): 8331-8332. DOI: 10.1021/jp300659f

10. Morgado C. A., Svozil D., Turner D. H., Šponer J.: Understanding the role of base stacking in nucleic acids. MD and QM analysis of tandem GA base pairs in RNA duplexes. Physical Chemistry Chemical Physics 14 (36): 12580-12591 2012. DOI: 10.1039/C2CP40556C

9. Čech P., Svozil D., Hoksza D., SETTER: web server for RNA structure comparison. Nucleic Acids Research W1: W42-W48 2012. DOI10.1093/nar/gks560

8. Hoksza D., Svozil D., Efficient RNA pairwise structure comparison by SETTER method. Bioinformatics 28 (14): 1858-1864 2012. DOI10.1093/bioinformatics/bts301

2011

7. Čech P., Svozil D., mmView: a web-based viewer of the mmCIF format. BMC Research Notes 4:121 2011. DOI: 10.1186/1756-0500-4-121

6. Hoksza D., Svozil D., Exploration of Chemical Space by Molecular Morphing. IEEE International Conference on Bioinformatics & Bioengineering (BIBE) 2011, Taiwan, ISBN 978-0-7695-4391-8, pp. 201-208. DOI10.1109/BIBE.2011.38

5. Hoksza D., Svozil D., SETTER - RNA SEcondary sTructure-based TERtiary Structure Similarity Algorithm. 7th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (ISBRA) 2011, Central South University, China, ISBN 978-3-642-21259-8, pp. 37-49, LNBI 6674, Springer. DOI: 10.1007/978-3-642-21260-4_8

2010

4. Svozil D., Multilayer Neural Networks in Bioinformatics, in Artificial Intelligence and Congnitive Science II, V. Kvasnicka, J. Pospichal (Eds.), Publishing House of Slovak Technical University, Bratislava, 2010. Book chapter

3. Mládek A., Šponer J. E., Jurečka P., Banáš P., Otyepka M., Svozil D., Šponer J., Conformational Energies of DNA Sugar-Phosphate Backbone: Reference QM Calculations and a Comparison with Density Functional Theory and Molecular Mechanics. Journal of Chemical Theory and Computation 12 (6): 3817-3835 2010. DOI: 10.1021/ct1004593

2. Morgado C. A., Jurečka P., Svozil D., Hobza P., Šponer J., Reference MP2/CBS and CCSD(T) quantum-chemical calculations on stacked adenine dimers. Comparison with DFT-D, MP2.5, SCS(MI)-MP2, M06-2X, CBS(SCS-D) and force field descriptions. Physical Chemistry Chemical Physics 12 (14): 3522-3534 2010. DOI10.1039/b924461a

1. Svozil D., Hobza P., Šponer J., Comparison of Intrinsic Stacking Energies of Ten Unique Dinucleotide Steps in A-RNA and B-DNA Duplexes. Can We Determine Correct Order of Stability by Quantum-Chemical Calculations? Journal of Physical Chemistry B 114 (2): 1191-1203 2010. DOI10.1021/jp910788e

[urlnadstranka] => [ogobrazek] => [pozadi] => [poduzel] => Array ( ) [iduzel] => 30219 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /cheminf/publikace [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [28306] => stdClass Object ( [obsah] => [poduzel] => Array ( ) [iduzel] => 28306 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => slider [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 0 ) ) ) [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) [api_suffix] => )

VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČO: 60461373
DIČ: CZ60461373

Datová schránka: sp4j9ch

Copyright VŠCHT Praha
Za informace odpovídá Oddělení komunikace, technický správce Výpočetní centrum
Zobrazit plnou verzi