Prosím počkejte chvíli...
stdClass Object
(
    [nazev] => Ústav informatiky a chemie 
    [adresa_url] => 
    [api_hash] => 
    [seo_desc] => 
    [jazyk] => 
    [jednojazycny] => 
    [barva] => 
    [indexace] => 1
    [obrazek] => 
    [ga_force] => 
    [secureredirect] => 
    [google_verification] => UOa3DCAUaJJ2C3MuUhI9eR1T9ZNzenZfHPQN4wupOE8
    [ga_account] => UA-10822215-6
    [ga_domain] => 
    [gtm_id] => 
    [gt_code] => 
    [kontrola_pred] => 
    [omezeni] => 
    [pozadi1] => 
    [pozadi2] => 
    [pozadi3] => 
    [pozadi4] => 
    [pozadi5] => 
    [robots] => 
    [iduzel] => 28159
    [platne_od] => 27.10.2017 17:22:00
    [zmeneno_cas] => 27.10.2017 17:22:50.871272
    [zmeneno_uzivatel_jmeno] => Jan Kříž
    [canonical_url] => 
    [idvazba] => 47447
    [cms_time] => 1596842029
    [skupina_www] => Array
        (
        )

    [slovnik] => stdClass Object
        (
            [logo_href] => /
            [logo] => Logo Ústavu informatiky a chemie
            [logo_mobile_href] => /
            [logo_mobile] => Logo Ústavu informatiky a chemie
            [google_search] => 001523547858480163194:u-cbn29rzve
            [social_fb_odkaz] => https://cs-cz.facebook.com/studuj.bioinformatiku/
            [social_tw_odkaz] => 
            [social_yt_odkaz] => 
            [intranet_odkaz] => //intranet.vscht.cz/
            [intranet_text] => Intranet 
            [mobile_over_nadpis_menu] => Menu
            [mobile_over_nadpis_search] => Hledání
            [mobile_over_nadpis_jazyky] => Jazyky
            [mobile_over_nadpis_login] => Přihlášení
            [menu_home] => Domovská stránka
            [paticka_mapa_odkaz] => /kontakt
            [paticka_budova_a_nadpis] => BUDOVA A
            [paticka_budova_a_popis] => Rektorát, oddělení komunikace, pedagogické oddělení, děkanát FCHT, centrum informačních služeb
            [paticka_budova_b_nadpis] => BUDOVA B
            [paticka_budova_b_popis] => Věda a výzkum, děkanát FTOP, děkanát FPBT, děkanát FCHI, výpočetní centrum, zahraniční oddělení, kvestor
            [paticka_budova_c_nadpis] => BUDOVA C
            [paticka_budova_c_popis] => Dětský koutek Zkumavka, praktický lékař, katedra ekonomiky a managementu, ústav matematiky
            [paticka_budova_1_nadpis] => NÁRODNÍ TECHNICKÁ KNIHOVNA
            [paticka_budova_1_popis] =>  
            [paticka_budova_2_nadpis] => STUDENTSKÁ KAVÁRNA CARBON
            [paticka_budova_2_popis] =>  
            [paticka_adresa] => VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČO: 60461373
DIČ: CZ60461373

Datová schránka: sp4j9ch

Copyright VŠCHT Praha
Za informace odpovídá Oddělení komunikace, technický správce Výpočetní centrum
[paticka_odkaz_mail] => mailto:lich@vscht.cz [zobraz_desktop_verzi] => Zobrazit plnou verzi [social_fb_title] => Facebook Bioinformatika [social_tw_title] => [social_yt_title] => [aktualizovano] => Aktualizováno [autor] => Autor [drobecky] => Nacházíte se: VŠCHT PrahaFCHTLICH [preloader] => Prosím počkejte chvíli... [more_info] => [zobraz_mobilni_verzi] => [nepodporovany_prohlizec] => [social_in_odkaz] => ) [poduzel] => stdClass Object ( [28161] => stdClass Object ( [obsah] => [poduzel] => stdClass Object ( [28167] => stdClass Object ( [obsah] => [iduzel] => 28167 [canonical_url] => //lich.vscht.cz [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => [html] => [css] => [js] => [autonomni] => ) ) [28165] => stdClass Object ( [obsah] => [iduzel] => 28165 [canonical_url] => //lich.vscht.cz [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => [html] => [css] => [js] => [autonomni] => ) ) [28166] => stdClass Object ( [obsah] => [iduzel] => 28166 [canonical_url] => //lich.vscht.cz [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => [html] => [css] => [js] => [autonomni] => ) ) ) [iduzel] => 28161 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => [html] => [css] => [js] => [autonomni] => ) ) [28162] => stdClass Object ( [obsah] => [poduzel] => stdClass Object ( [28301] => stdClass Object ( [nazev] => Cheminformatika [seo_title] => Cheminformatika [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Vedoucí skupiny

  

 

doc. Mgr. Daniel Svozil, Ph.D.

 
b  daniel.svozil@vscht.cz

e  220 444 391

d  Z12a

 

Členové týmu

      Výzkumní pracovníci

            Ing. Petr Čech, Ph.D.

            Ing. Milan Voršilák, Ph. D.


      Ph.D. studenti

            M.Sc. Isabel Agea

            Ing. Ivan Čmelo

            Ing. Kamila Clarová

            M.Sc. Wim Dehaen   

            Mgr. František Pešina

            Ing. David Příhoda

            Ing. Martin Šícho


Publikace

Software

Cheminformatika se zabývá použitím výpočetních technik pro pochopení vztahů mezi biologickou aktivitou a strukturou organické sloučeniny. Cheminformatika je mezioborová disciplína kloubící dohromady chemii, statistiku, informatiku a molekulární biologii.

 

V naší skupině se zabýváme návrhem a analýzou struktur organických sloučenin za účelem nalezení látek vykazujících definovaný biologický efektÚzce spolupracujeme s Oddělením buněčné diferenciace Dr. P. Bartůňka z Ústavu molekulární genetiky AV ČR. V rámci této spolupráce se zabýváme výzkumem úlohy jaderných receptorů s cílem prohloubit  naše znalosti o příčinách vzniku nádorových onemocnění a o možnostech jejich prevence a léčby.

 

Oddělení buněčné diferenciace provozuje Národní infrastrukturu chemické biologie CZ-OPENSCREEN, která je národním uzlem evropské infrastruktury EU-OPENSCREEN. Naše skupina je, jako jeden ze členů této infrastruktury, zodpovědná za oblast cheminformatiky a analýzy dat. Zapojení v infrastruktuře chemické biologie nám zajištuje přístup k zajímavým evropským projektům a trvalý zdroj financování našich výzkumných aktivit.

[urlnadstranka] => [obrazek] => [iduzel] => 28301 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /cheminf [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [38812] => stdClass Object ( [nazev] => Informace o studiu [seo_title] => Informace o studiu [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Od akademického roku 2014/2015 provozujeme bakalářský a magisterský program  "Bioinformatika". V akademickém roce 2019/2020 pak k nabídce přibyl též stejnojmenný doktorský program. Abychom studentům nabídli co nejkvalitnější vzdělání, spojili jsme se při zajišťování oboru s našimi kolegy z dalších akademických pracovišť.

  • Předměty přírodovědného základu jsou vyučovány zde na VŠCHT.
  • Informatiku zajišťuje FIT ČVUT.
  • Specializované bioinformatické přednášky v magisterském studiu zajišťují bioinformatické laboratoře působící na ÚMG a ÚOCHB AV ČR.

Přednášející z těchto pracovišť též vypisují bakalářské, diplomové a dizertační práce, což nám umožňuje nabízet témata z mnoha různých oblastí. Řešené práce pokrývají především problematiku z

  • bioinformatiky
  • systémové biologie
  • cheminformatiky
  • počítačového návrhu léčiv
  • molekulového modelování biologických systémů
[urlnadstranka] => [obrazek] => [iduzel] => 38812 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /studium [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [30349] => stdClass Object ( [nazev] => Výzkumné skupiny [seo_title] => Výzkumné skupiny [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] => [iduzel] => 30349 [canonical_url] => //lich.vscht.cz/skupiny [skupina_www] => Array ( ) [url] => /skupiny [sablona] => stdClass Object ( [class] => boxy [html] => [css] => [js] => $(function() { setInterval(function () { $('*[data-countdown]').each(function() { CountDownIt('#'+$(this).attr("id")); }); },1000); setInterval(function () { $('.homebox_slider:not(.stop)').each(function () { slide($(this),true); }); },5000); }); function CountDownIt(selector) { var el=$(selector);foo = new Date; var unixtime = el.attr('data-countdown')*1-parseInt(foo.getTime() / 1000); if(unixtime<0) unixtime=0; var dnu = 1*parseInt(unixtime / (3600*24)); unixtime=unixtime-(dnu*(3600*24)); var hodin = 1*parseInt(unixtime / (3600)); unixtime=unixtime-(hodin*(3600)); var minut = 1*parseInt(unixtime / (60)); unixtime=unixtime-(minut*(60)); if(unixtime<10) {unixtime='0'+unixtime;} if(dnu<10) {unixtime='0'+dnu;} if(hodin<10) {unixtime='0'+hodin;} if(minut<10) {unixtime='0'+minut;} el.html(dnu+':'+hodin+':'+minut+':'+unixtime); } function slide(el,vlevo) { if(el.length<1) return false; var leva=el.find('.content').position().left; var sirka=el.width(); var pocet=el.find('.content .homebox').length-1; var cislo=leva/sirka*-1; if(vlevo) { if(cislo+1>pocet) cislo=0; else cislo++; } else { if(cislo==0) cislo=pocet-1; else cislo--; } el.find('.content').animate({'left':-1*cislo*sirka}); el.find('.slider_puntiky a').removeClass('selected'); el.find('.slider_puntiky a.puntik'+cislo).addClass('selected'); return false; } function slideTo(el,cislo) { if(el.length<1) return false; var sirka=el.width(); var pocet=el.find('.content .homebox').length-1; if(cislo<0 || cislo>pocet) return false; el.find('.content').animate({'left':-1*cislo*sirka}); el.find('.slider_puntiky a').removeClass('selected'); el.find('.slider_puntiky a.puntik'+cislo).addClass('selected'); return false; } [autonomni] => 1 ) ) [28317] => stdClass Object ( [nazev] => Jak se k nám dostanete [seo_title] => Jak se k nám dostanete [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

planek_LICH_v3_cs_en (originál)

[iduzel] => 28317 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /mapa [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [28303] => stdClass Object ( [nazev] => Software [seo_title] => Software [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] => [iduzel] => 28303 [canonical_url] => //lich.vscht.cz/software [skupina_www] => Array ( ) [url] => /software [sablona] => stdClass Object ( [class] => boxy [html] => [css] => [js] => $(function() { setInterval(function () { $('*[data-countdown]').each(function() { CountDownIt('#'+$(this).attr("id")); }); },1000); setInterval(function () { $('.homebox_slider:not(.stop)').each(function () { slide($(this),true); }); },5000); }); function CountDownIt(selector) { var el=$(selector);foo = new Date; var unixtime = el.attr('data-countdown')*1-parseInt(foo.getTime() / 1000); if(unixtime<0) unixtime=0; var dnu = 1*parseInt(unixtime / (3600*24)); unixtime=unixtime-(dnu*(3600*24)); var hodin = 1*parseInt(unixtime / (3600)); unixtime=unixtime-(hodin*(3600)); var minut = 1*parseInt(unixtime / (60)); unixtime=unixtime-(minut*(60)); if(unixtime<10) {unixtime='0'+unixtime;} if(dnu<10) {unixtime='0'+dnu;} if(hodin<10) {unixtime='0'+hodin;} if(minut<10) {unixtime='0'+minut;} el.html(dnu+':'+hodin+':'+minut+':'+unixtime); } function slide(el,vlevo) { if(el.length<1) return false; var leva=el.find('.content').position().left; var sirka=el.width(); var pocet=el.find('.content .homebox').length-1; var cislo=leva/sirka*-1; if(vlevo) { if(cislo+1>pocet) cislo=0; else cislo++; } else { if(cislo==0) cislo=pocet-1; else cislo--; } el.find('.content').animate({'left':-1*cislo*sirka}); el.find('.slider_puntiky a').removeClass('selected'); el.find('.slider_puntiky a.puntik'+cislo).addClass('selected'); return false; } function slideTo(el,cislo) { if(el.length<1) return false; var sirka=el.width(); var pocet=el.find('.content .homebox').length-1; if(cislo<0 || cislo>pocet) return false; el.find('.content').animate({'left':-1*cislo*sirka}); el.find('.slider_puntiky a').removeClass('selected'); el.find('.slider_puntiky a.puntik'+cislo).addClass('selected'); return false; } [autonomni] => 1 ) ) [28302] => stdClass Object ( [nazev] => Biomolekulární modelování [seo_title] => Biomolekulární modelování [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Vedoucí skupiny

  

 

doc. Ing. Filip Lankaš, Ph.D.

 
b  filip.lankas@vscht.cz

e  220 444 392

d  Z12b

 

Členové týmu

  

Mgr. Tomáš Dršata, Ph.D.

Ing. Hana Dohnalová

Bc. Eva Matoušková

Lucie Červenková

 

  

Hledáme nové kolegy na všech stupních studia.

 

Publikace

 

Výuka

Naše výzkumná skupina se zaměřuje na teorii a počítačové modelování struktury, dynamiky a mechanických vlastností nukleových kyselin. Molekuly DNA a RNA modelujeme na různých délkových a časových škálách, parametry modelů pak stanovujeme z dat získaných rozsáhlými simulacemi molekulové dynamiky. Výsledky aplikujeme na problémy z oblasti molekulární biologie, biofyziky a návrhu umělých molekulárních nanostruktur. Skupina disponuje výpočetní kapacitou pro rozsáhlé simulace i zpracování dat. Jsme rovněž zapojeni do společných projektů s českými a zahraničními vědeckými pracovišti.

 

Zabýváme se dvěma okruhy témat.

  

Sekvenčné závislá struktura a elasticita DNA. Detailní prostorová struktura a mechanická tuhost  (elasticita, flexibilita) dvoušroubovice DNA závisí na sekvenci bazí, jimiž je tvořena. Tuto vlastnost využívají mnohé proteiny (např. transkripční faktory) pro sekvenčně specifickou vazbu k DNA - protein se preferenčně váže k takové sekvenci, jejích prostorová konfigurace a flexibilita jsou příznivé pro tvorbu komplexu. Naším cílem je vyvinout spolehlivé modely, které přiřadí dané sekvenci její tvar a flexibilitu. Tuto informaci lze pak využít pro predikci prostorové struktury genomu, vazebných míst proteinů a malých molekul i v procesu návrhu nanostruktur DNA. Samostatný výzam má pak stanovení vlastností DNA poškozené následkem UV záření.

 

 

Dynamika a mechanické vlastnosti strukturních motivů RNA. Molekuly RNA jsou strukturně velmi bohaté - kromě dvoušroubovice se sbalují do různých nehelikálních strukturních motivů, které příroda opakovaně využívá. Např. v ribosomu, makromolekulárním komplexu syntetizujícím proteiny, funkčně spolupracují rigidní i flexibilní motivy. Tyto motivy tvoří také stavební prvky umělých nanostruktur, jejichž návrh i aplikace se v současnosti prudce rozvíjejí. Výhodou nanostruktur RNA je možnost jejich syntézy přímo v buňce, bez nutnosti přechodu přes buněčnou membránu. Našim cílem je vyvinout vhodné modely a stanovit jejich parametry tak, abychom popsali strukturní dynamiku a mechanické vlastnosti důležitých motivů. To přispěje jednak k pochopení biologické funkce jejich komplexů, jako je ribosom, jednak k racionalizaci návrhu nanostruktur RNA.

 

[urlnadstranka] => [obrazek] => [iduzel] => 28302 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /biomodel [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [10947] => stdClass Object ( [nazev] => Přístup odepřen (chyba 403) [seo_title] => Přístup odepřen [seo_desc] => Chyba 403 [autor] => [autor_email] => [perex] => [ikona] => zamek [obrazek] => [obsah] =>

Nemáte přístup k obsahu stránky.

Zkontrolujte, zda jste v síti VŠCHT Praha, nebo se přihlaste (v pravém horním rohu stránek).

[urlnadstranka] => [iduzel] => 10947 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /[error403] [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka_ikona [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [1485] => stdClass Object ( [nazev] => Stránka nenalezena [seo_title] => Stránka nenalezena (chyba 404) [seo_desc] => Chyba 404 [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Požadovaná stránka se na webu (již) nenachází. Kontaktuje prosím webmastera a upozorněte jej na chybu.

Pokud jste změnili jazyk stránek, je možné, že požadovaná stránka v překladu neexistuje. Pro pokračování prosím klikněte na home.  

Děkujeme!

[urlnadstranka] => [iduzel] => 1485 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /[error404] [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [28175] => stdClass Object ( [nazev] => O ústavu [seo_title] => Úvod [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

V roce 2002 byla na VŠCHT Praha založena, iniciativou Dr. Miloslava Niče, Laboratoř informatiky a chemie. Zpočátku se Laboratoř soustředila na odborné elektronické publikování v oblasti chemie a garantovala studijní obor “Informatika a chemie”. V září 2010 došlo ke změně na pozici vedoucího, kdy Dr. M. Niče vystřídal doc. Daniel Svozil. S jeho příchodem se zaměření laboratoře změnilo a nyní se pracoviště zabývá výzkumem v oborech bioinformatika, cheminformatika, počítačový návrh léčiv a molekulové modelování. To se odrazilo i v akreditaci Bc. a Mgr. programu  “Bioinformatika”, který je  na VŠCHT vyučován od akademického roku 2014/2015. V listopadu  2017 byla Laboratoř transformována na Ústav informatiky a chemie. V roce 2019/2020 pak byla zahájena výuka v doktorském studijním programu "Bioinformatika".

[urlnadstranka] => [obrazek] => [iduzel] => 28175 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /home [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [28291] => stdClass Object ( [nazev] => [seo_title] => Lidé [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Akademičtí pracovníci

doc. Mgr. Daniel Svozil, Ph.D.

vedoucí ústavu

b  daniel.svozil at vscht.cz e 220 444 391 d  Z12a

Ing. Jiří Jirát, Ph.D.

tajemník ústavu

b   jiri.jirat at vscht.cz e   220 444 393 d   Z12c

Ing. Jiří Znamenáček

PZVT

b   jiri.znamenacek at vscht.cz e   220 444 393 d   Z12c

doc. Ing. Filip Lankaš, Ph.D.

referent BOZP

b   filip.lankas at vscht.cz e   220 444 392 d   Z12b
Ing. Petr Čech, Ph.D. b   petr.cech at vscht.cz e   220 444 378 d   Z10
Mgr. Tomáš Dršata, Ph.D. b   tomas.drsata at vscht.cz e   220 444 378 d   Z10
  Mgr. Michal Kolář, Ph.D. b   michal.kolar at vscht.cz

e   220 442 014

 
  doc. Mgr. Fidele Ntie Kang, Ph.D. b   Fidele.Ntie.Kang at vscht.cz e   220 442 013  
  Mgr. Jan Pačes, Ph.D. b   jan.paces at vscht.cz

e   220 442 014

 
Ing. Milan Voršilák, Ph. D. b   milan.vorsilak at vscht.cz e   220 444 379 d   Z11

 

Ph.D. studenti

M.Sc. Isabel Agea b  Maria.Isabel.Agea.Lorente@vscht.cz e   220 444 393 d   Z12c
  Ing. Kamila Clarová b   kamila.clarova at vscht.cz    
Ing. Ivan Čmelo b   ivan.cmelo at vscht.cz e   220 444 379 d   Z11
M.Sc. Wim Dehaen b   wim.dehaen at vscht.cz e   220 444 379 d   Z11
Ing. Hana Dohnalová

b   hana.dohnalova at vscht.cz

e   220 442 014  
  Ing. František Pešina b   frantisek.pesina at vscht.cz  e   220 442 014  
  Ing. David Příhoda b   david.prihoda at vscht.cz    
Ing. Martin Šícho b   martin.sicho at vscht.cz e   220 444 393 d   Z12c
[submenuno] => 1 [urlnadstranka] => [obrazek] => [iduzel] => 28291 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /lide [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) ) [iduzel] => 28162 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => [html] => [css] => [js] => [autonomni] => ) ) [519] => stdClass Object ( [nadpis] => [data] => [poduzel] => stdClass Object ( [52801] => stdClass Object ( [nadpis] => [apiurl] => https://cis-web.vscht.cz/zaverecne-prace/pracoviste/ [urlwildcard] => cis-path [iduzel] => 52801 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /pracoviste [sablona] => stdClass Object ( [class] => api_html [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [52789] => stdClass Object ( [nadpis] => [apiurl] => https://cis-web.vscht.cz/zaverecne-prace/program/ [urlwildcard] => cis-path [iduzel] => 52789 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /program [sablona] => stdClass Object ( [class] => api_html [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [52797] => stdClass Object ( [nadpis] => [apiurl] => https://cis-web.vscht.cz/programy/studijni-plan/ [urlwildcard] => cis-path [iduzel] => 52797 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /studijni-plan [sablona] => stdClass Object ( [class] => api_html [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [52796] => stdClass Object ( [nadpis] => [apiurl] => https://cis-web.vscht.cz/zaverecne-prace/ [urlwildcard] => cis-path [iduzel] => 52796 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /zaverecne-prace [sablona] => stdClass Object ( [class] => api_html [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [44911] => stdClass Object ( [nadpis] => [apiurl] => https://cis-web.vscht.cz/redirect/ [urlwildcard] => cis-path [iduzel] => 44911 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => api_html [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 0 ) ) [45623] => stdClass Object ( [nadpis] => [apiurl] => https://cis-staff.vscht.cz/studijni-plan/ [urlwildcard] => cis-path [iduzel] => 45623 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /studijni-system-plan-pdf [sablona] => stdClass Object ( [class] => api_html [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [44910] => stdClass Object ( [nadpis] => [apiurl] => https://cis-web.vscht.cz/programy/ [urlwildcard] => cis-path [iduzel] => 44910 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /programy [sablona] => stdClass Object ( [class] => api_html [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [30128] => stdClass Object ( [nadpis] => [apiurl] => https://cis-web-test.vscht.cz/redirect/ [urlwildcard] => cis-path [iduzel] => 30128 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => api_html [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 0 ) ) [30011] => stdClass Object ( [nadpis] => [apiurl] => https://cis-web-test.vscht.cz/studijni-system/ [urlwildcard] => cis-path [iduzel] => 30011 [canonical_url] => //study.vscht.cz/studijni-system [skupina_www] => Array ( ) [url] => /studijni-system [sablona] => stdClass Object ( [class] => api_html [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [30124] => stdClass Object ( [nadpis] => [apiurl] => https://cis-web-test.vscht.cz/redirect/context/ [urlwildcard] => cis-path [iduzel] => 30124 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => api_html [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 0 ) ) [28344] => stdClass Object ( [nadpis] => [apiurl] => https://cis-web-test.vscht.cz/studijni-system/obory/U/sitemap/lang/cs [urlwildcard] => [iduzel] => 28344 [canonical_url] => //study.vscht.cz/obory_sitemap_cs.xml [skupina_www] => Array ( ) [url] => /obory_sitemap_cs.xml [sablona] => stdClass Object ( [class] => api_html [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [30344] => stdClass Object ( [nadpis] => [apiurl] => https://cis-web-test.vscht.cz/studijni-system/obory/U/sitemap/lang/en/foreigner [urlwildcard] => [iduzel] => 30344 [canonical_url] => //study.vscht.cz/obory_sitemap_foreigner.xml [skupina_www] => Array ( ) [url] => /obory_sitemap_foreigner.xml [sablona] => stdClass Object ( [class] => api_html [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) ) [iduzel] => 519 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => [html] => [css] => [js] => [autonomni] => ) ) ) [sablona] => stdClass Object ( [class] => web [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) [api_suffix] => )

DATA


stdClass Object
(
    [nazev] => Biomolekulární modelování
    [seo_title] => Biomolekulární modelování
    [seo_desc] => 
    [autor] => 
    [autor_email] => 
    [obsah] => 

Vedoucí skupiny

  

 

doc. Ing. Filip Lankaš, Ph.D.

 
b  filip.lankas@vscht.cz

e  220 444 392

d  Z12b

 

Členové týmu

  

Mgr. Tomáš Dršata, Ph.D.

Ing. Hana Dohnalová

Bc. Eva Matoušková

Lucie Červenková

 

  

Hledáme nové kolegy na všech stupních studia.

 

Publikace

 

Výuka

Naše výzkumná skupina se zaměřuje na teorii a počítačové modelování struktury, dynamiky a mechanických vlastností nukleových kyselin. Molekuly DNA a RNA modelujeme na různých délkových a časových škálách, parametry modelů pak stanovujeme z dat získaných rozsáhlými simulacemi molekulové dynamiky. Výsledky aplikujeme na problémy z oblasti molekulární biologie, biofyziky a návrhu umělých molekulárních nanostruktur. Skupina disponuje výpočetní kapacitou pro rozsáhlé simulace i zpracování dat. Jsme rovněž zapojeni do společných projektů s českými a zahraničními vědeckými pracovišti.

 

Zabýváme se dvěma okruhy témat.

  

Sekvenčné závislá struktura a elasticita DNA. Detailní prostorová struktura a mechanická tuhost  (elasticita, flexibilita) dvoušroubovice DNA závisí na sekvenci bazí, jimiž je tvořena. Tuto vlastnost využívají mnohé proteiny (např. transkripční faktory) pro sekvenčně specifickou vazbu k DNA - protein se preferenčně váže k takové sekvenci, jejích prostorová konfigurace a flexibilita jsou příznivé pro tvorbu komplexu. Naším cílem je vyvinout spolehlivé modely, které přiřadí dané sekvenci její tvar a flexibilitu. Tuto informaci lze pak využít pro predikci prostorové struktury genomu, vazebných míst proteinů a malých molekul i v procesu návrhu nanostruktur DNA. Samostatný výzam má pak stanovení vlastností DNA poškozené následkem UV záření.

 

 

Dynamika a mechanické vlastnosti strukturních motivů RNA. Molekuly RNA jsou strukturně velmi bohaté - kromě dvoušroubovice se sbalují do různých nehelikálních strukturních motivů, které příroda opakovaně využívá. Např. v ribosomu, makromolekulárním komplexu syntetizujícím proteiny, funkčně spolupracují rigidní i flexibilní motivy. Tyto motivy tvoří také stavební prvky umělých nanostruktur, jejichž návrh i aplikace se v současnosti prudce rozvíjejí. Výhodou nanostruktur RNA je možnost jejich syntézy přímo v buňce, bez nutnosti přechodu přes buněčnou membránu. Našim cílem je vyvinout vhodné modely a stanovit jejich parametry tak, abychom popsali strukturní dynamiku a mechanické vlastnosti důležitých motivů. To přispěje jednak k pochopení biologické funkce jejich komplexů, jako je ribosom, jednak k racionalizaci návrhu nanostruktur RNA.

 

[submenuno] => [urlnadstranka] => [obrazek] => [pozadi] => [iduzel] => 28302 [platne_od] => 29.10.2019 13:33:00 [zmeneno_cas] => 29.10.2019 13:33:42.426135 [zmeneno_uzivatel_jmeno] => Filip Lankaš [canonical_url] => [idvazba] => 53712 [cms_time] => 1596839190 [skupina_www] => Array ( ) [slovnik] => Array ( ) [poduzel] => stdClass Object ( [28399] => stdClass Object ( [nazev] => Publikace [seo_title] => Publikace [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

2020

57. H. Dohnalová, T. Dršata, J. Šponer, M. Zacharias, J. Lipfert, F. Lankaš (2020): Compensatory Mechanisms in Temperature Dependence of DNA Double Helical Structure: Bending and Elongation. J. Chem. Theory Comput., ASAP, https://doi.org/10.1021/acs.jctc.0c00037

56. F. Lankaš (2020): Simple, But Not Too Simple: Modeling the Dynamics of DNA and RNA Buckling. Biophys. J. 118, 1514-1516, https://doi.org/10.1016/j.bpj.2020.02.021

2018

55. F. Kriegel, C. Matek, T. Drsata, K. Kulenkampff, S. Tschirpke, M. Zacharias, F. Lankas, J. Lipfert (2018): The temperature dependence of the helical twist of DNA. Nucleic Acids Res. 46, 7998-8009, https://doi.org/10.1093/nar/gky599
 

2017

54. T. Drsata, K. Reblova, I. Besseova, J. Sponer, F. Lankas (2017): rRNA C-loops: Mechanical properties of a recurrent structural motif. J. Chem. Theory Comput. 13, 3359-3371
53. E. Bignon, T. Drsata, C. Morell, F. Lankas, E. Dumont (2017): Interstrand cross-linking implies contrasting structural consequences for DNA: Insights from molecular dynamics. Nucleic Acids Res. 45, 2188-2195
52. M. Zgarbova, P. Jurecka, F. Lankas, T. E. Cheatham III, J. Sponer, M. Otyepka (2017): Influence of BII backbone substates on DNA twist: A unified view and comparison of simulation and experiment for all 136 distinct tetranucleotide sequences. J. Chem. Inf. Model. 57, 275-287
 

2016

51. P. D. Dans, L. Danilane, I. Ivani, T. Drsata, F. Lankas, A. Hospital, J. Walther, R. I. Pujagut, F. Battistini, J. L. Gelpi, R. Lavery, M. Orozco (2016): Long-timescale dynamics of the Drew-Dickerson dodecamer. Nucleic Acids Res. 44, 4052-4066
50. T. Drsata, M. Zgarbova, P. Jurecka, J. Sponer, F. Lankas (2016): On the use of molecular dynamics simulations for probing allostery through DNA. Biophys. J. 110, 874-876
 

2015

49. K. Liebl, T. Drsata, F. Lankas, J. Lipfert, M. Zacharias (2015): Explaining the striking difference in twist-stretch coupling between DNA and RNA: A comparative molecular dynamics analysis. Nucleic Acids Res. 43, 10143-10156
48. T. Drsata, F. Lankas (2015): Multiscale modelling of DNA mechanics. J. Phys. Condens. Matter 27, 323102
47. M. Kara, T. Drsata, F. Lankas, M. Zacharias (2015): Effect of O6-guanine alkylation on DNA flexibility studied by comparative molecular dynamics simulations. Biopolymers 103, 23-32
46. E. Dumont, T. Drsata, C.F. Guerra, F. Lankas (2015): Insights into the structure of intrastrand cross-link DNA lesion-containing oligonucleotides: G[8-5m]T and G[8-5]C from molecular dynamics simulations. Biochemistry 54, 1259-1267
 

2014

45. T. Drsata, M. Zgarbova, N. Spackova, P. Jurecka, J. Sponer, F. Lankas (2014): Mechanical model of DNA allostery. J. Phys. Chem. Lett. 5, 3831-3835
44. M. Pasi, J.H. Maddocks, D. Beveridge, T.C. Bishop, D.A. Case, T.E. Cheatham III, P.D. Dans, B. Jayaram, F. Lankas, C. Laughton, J. Mitchell, R. Osman, M. Orozco, A. Perez, D. Petkeviciute, N. Spackova, J. Sponer, K. Zakrzewska, R. Lavery (2014): µABC: a systematic microsecond molecular dynamics study of tetranucleotide sequence effects in B-DNA. Nucleic Acids Res. 42, 12272-12283
43. M. Zgarbova, M. Otyepka, J. Sponer, F. Lankas, P. Jurecka (2014): Base pair fraying in molecular dynamics simulations of DNA and RNA.  J. Chem. Theory Comput. 10, 3177-3189
42. T. Drsata, N. Spackova, P. Jurecka, M. Zgarbova, J. Sponer, F. Lankas (2014): Mechanical properties of symmetric and asymmetric DNA A-tracts: Implications for looping and nucleosome positioning. Nucleic Acids Res 42, 7383-7394
 

2013

41. C. Patel, T. Drsata, F. Lankas, E. Dumont (2013): Structure, dynamics, and interactions of a C4’-oxidized abasic site in DNA: A concomitant strand scission reverses affinities. Biochemistry 52, 8115-8125
40. T. Dršata, M. Kara, M. Zacharias, F. Lankaš (2013): Effect of 8-oxoguanine on DNA structure and deformability. J. Phys. Chem. B 117, 11617-11622
39. T. Dršata, F. Lankaš (2013): Theoretical models of DNA flexibility. WIREs Comput. Mol. Sci. 3, 355-363
38. T. Dršata, A. Pérez, M. Orozco, A. V. Morozov, J. Šponer, F. Lankaš (2013): Structure, Stiffness and Substates of the Dickerson-Drew Dodecamer. J. Chem. Theory Comput. 9, 707-721
 

2012

37. F. Lankaš (2012): Modelling nucleic acid structure and flexibility: From atomic to mesoscopic scale. In: Innovations in Biomolecular Modeling and Simulations, vol. 2, pp.3-32. Tamar Schlick, ed. Royal Society of Chemistry, London
36. T. Zelený, M. Ruckenbauer, A. J. A. Aquino, T. Muller, F. Lankaš, T. Dršata, W. L. Hase, D. Nachtigallova, H. Lischka (2012): Strikingly different effects of hydrogen bonding on the photodynamics of individual nucleobases in DNA: Comparison of guanine and cytosine. J. Am. Chem. Soc. 134, 13662-13669
35. K. Réblová, J. Šponer, F. Lankaš (2012): Structure and mechanical properties of the ribosomal L1 stalk three-way junction. Nucleic Acids Res. 40, 6290-6303
34. P. Banáš, A. Mládek, M. Otyepka, M. Zgarbová, P. Jurečka, D. Svozil, F. Lankaš, J. Šponer (2012): Can we accurately describe the structure of adenine tracts in B-DNA? Reference quantum-chemical computations reveal overstabilization of stacking by molecular mechanics. J. Chem. Theory Comput. 8, 2448-2460
33. M. Kabeláč, O. Kroutil, M. Předota, F. Lankaš, M. Šíp (2012): Influence of a charged graphene surface on the orientation and conformation of covalently attached oligonucleotides: a molecular dynamics study. Phys. Chem. Chem. Phys. 14, 4217-4229
 

2011

32. P. Sklenovský, P. Florová, P. Banáš, K. Réblová, F. Lankaš, M. Otyepka, J. Šponer (2011): Understanding RNA flexibility using explicit solvent simulations: The ribosomal and group I intron reverse kink-turn motifs. J. Chem. Theory Comput. 7, 2963-2980
 

2010

31. F. Lankaš, N. Špačková, M. Moakher, P. Enkhbayar, J. Šponer (2010): A measure of bending in nucleic acids structures applied to A-tract DNA .Nucleic Acids Res. 38, 3414-3422
30. M. Kabelac, F. Lankas, F. Zimandl, T. Fessl (2010): Binding of QSY 21 Nonfluorescent quencher to DNA: Structure and Dynamics. International Conference on Networking and Information Technology, 516-520
29. R. Lavery, K. Zakrzewska, D. Beveridge, T.C. Bishop, D.A. Case, T.E. Cheatham III, S. Dixit, B. Jayaram, F. Lankaš, C. Laughton, J.H. Maddocks, A. Michon, R. Osman, M. Orozco, A. Perez, T. Singh, N. Špačková, J. Šponer (2010): A systematic molecular dynamics study of nearest-neighbor effects on base pair and base pair step conformations and fluctuations in B-DNA. Nucleic Acids Res. 38, 299-313
28. M. Kabeláč, F. Zimandl, T. Fessl, Z. Chval, F. Lankaš (2010): A comparative study of the binding of QSY 21 and Rhodamine 6G fluorescence probes to DNA: structure and dynamics. Phys. Chem. Chem. Phys. 12, 9677-9684
 

2009

27. F. Lankaš, O.Gonzalez, L.M. Heffler, G. Stoll, M. Moakher, J.H. Maddocks (2009): On the parameterization of rigid base and basepair models of DNA from molecular dynamics simulations. Phys. Chem. Chem. Phys. 11, 10565-10588
 

2008

26. A Perez, F Lankas, FJ Luque, M Orozco (2008): Towards a molecular dynamics consensus view of B-DNA flexibility. Nucleic Acids Res. 36, 2379-2394
25. I. Horenko, E. Dittmer, F. Lankas, J.H. Maddocks, Ph. Metzner, Ch. Schuette (2008): Macroscopic dynamics of complex metastable systems – theory, algorithms, and application to B-DNA. SIAM J. Applied Dynamical Systems 7, 532-560
 

2007

24. K. Reblova, F. Lankas, J. Sponer (2007): Study of structure, dynamics and local elasticity of 16S rRNA helix 44 using molecular dynamics methods. J. Biomol. Struct. Dyn. 24, 635-636
23. T. Lionnet, F. Lankas (2007): Sequence-dependent twist-stretch coupling in DNA. Biophys. J. 92, L30-L32
 

2006

22. F. Lankas, R. Lavery, J.H. Maddocks (2006): Kinking occurs during molecular dynamics simulations of small DNA minicircles. Includes cover graphics. Structure 14, 1527-1534
21. F. Aumann, F. Lankas, M. Caudron, J. Langowski (2006): Monte Carlo Simulation of Chromatin Stretching. Phys. Rev. E 73, 041927
20. K. Reblova, F. Lankas, F. Razga, M.V. Krasovska, J. Koca, J. Sponer (2006): Structure, dynamics and elasticity of free 16S rRNA helix 44 studied by molecular dynamics simulations. Biopolymers 82, 504-520
19. F. Lankas (2006): Inferring shape and harmonic deformability of nucleic acids from atomistic molecular dynamics. In: Computational studies of RNA and DNA, pp. 559-577. J. Sponer and F. Lankas, eds. Springer.
 

2005

18. S.B. Dixit, D.L. Beveridge, D.A. Case, T.E. Cheatham III, E. Giudice, F. Lankas, R. Lavery, J.H. Maddocks, R. Osman, H. Sklenar, K. Thayer, P. Varnai (2005): Molecular Dynamics Simulations of the 136 Unique Tetranucleotide Sequences of DNA Oligonucleotides. II. Sequence context effects on the dynamical structures of the 10 unique dinucleotide steps. Biophys. J. 89, 3721-3740
17. F. Barone, F. Lankas, N. Spackova, J. Sponer, P. Karran, M. Bignami, F. Mazzei (2005): Structural and dynamic effects of single 7-hydro-8-oxoguanine bases located in a frameshift target DNA sequence. Biophys. Chem. 118, 31-41
16. F. Aumann, F. Lankas, M. Caudron, J. Langowski (2005): Chromatin flexibility simulated by a Monte Carlo model. Eur. Biophys. J. 34, 732
 

2004

15. D.L. Beveridge, G. Barreiro, K.S. Byun, D.A. Case, T.E. Cheatham III, S.B. Dixit, E. Giudice, F. Lankas, R. Lavery, J.H. Maddocks, R. Osman, E. Seibert, H. Sklenar, G. Stoll, K.M. Thayer, P. Varnai, M.A. Young (2004): Molecular Dynamics Simulations of the 136 Unique Tetranucleotide Sequences of DNA Oligonucleotides. I. Research Design and Results on d(CpG) Steps. Biophys. J. 87, 3799-3813
14. A. Perez, A. Noy, F. Lankas, F.J. Luque, M. Orozco (2004): The relative flexibility od B-DNA and A-RNA duplexes: database analysis. Nucleic Acids Res. 32, 6144-6151
13. A. Noy, A. Perez, F. Lankas, F.J. Luque, M. Orozco (2004): Relative Flexibility of DNA and RNA: a Molecular Dynamics Study. J. Mol. Biol. 343, 627-638
12. F. Lankas (2004): DNA Sequence-Dependent Deformability – Insights from Computer Simulations. Biopolymers 73, 327-339
11. F. Lankas, J. Sponer, J. Langowski, T.E. Cheatham III (2004): DNA Deformability at the Base Pair Level. J. Am. Chem. Soc. 126, 4124-4125
 

2003

10. F. Lankas, J. Sponer, J. Langowski, T.E. Cheatham III (2003): DNA Basepair Step Deformability Inferred from Molecular Dynamics Simulations. Biophys. J. 85, 2872-2883
9. F. Lankas, J. Sponer, T.E. Cheatham III, J. Langowski (2003): Multiscale modeling of DNA deformability. Biophys. J. 84 143A-143A, Part 2 Suppl. S
8. N. Spackova, T.E. Cheatham III, F. Ryjacek, F. Lankas, L.V. Meervelt, P. Hobza, J. Sponer (2003): Molecular Dynamics Simulations and Thermodynamics Analysis of DNA-Drug Complexes. Minor Groove Binding between 4’,6-Diamino-2-phenylindole and DNA Duplexes in Solution. J. Am. Chem. Soc. 125, 1759-1769
 

2002

7. F. Lankas, T.E. Cheatham III, N. Spackova, P. Hobza, J. Langowski, J. Sponer (2002): Critical Effect of the N2 Amino Group on Structure, Dynamics, and Elasticity of DNA Polypurine Tracts. Biophys. J. 82, 2592-2609
 

2001

6. F. Lankas, J. Sponer, P. Hobza, J. Langowski (2001): Global and local deformability of DNA oligonucleotides. J. Biomol. Struct. Dyn. 18, 993-994
 

2000

5. F. Lankas, J. Sponer, P. Hobza, J. Langowski (2000): Elasticity of DNA: Insights from molecular dynamics simulations. Eur. Biophys. J. 29, 252
4. F. Lankas, J. Sponer, P. Hobza, J. Langowski (2000): Sequence-dependent Elastic Properties of DNA. J. Mol. Biol. 299, 695-709
 

Dřívější publikace

3. F. Lankas (1997): Thermodynamic description of condensation waves. Thesis. Institute of Thermomechanics, Czech Academy of Sciences, Prague.
2. F. Marsik, J. Blaha, F. Lankas (1996): Nucleation and condensation rate measurement by condensation wave. In: Nucleation and Atmospheric Aerosols, Kulmala M and Wagner P, eds. Pergamon.
1. F. Lankas (1992): A 2D model of silicon oxidation in the presence of electric and stress fields. Acta Technica CSAV 37, 695-704

[urlnadstranka] => [obrazek] => [poduzel] => Array ( ) [iduzel] => 28399 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /biomodel/publikace [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [50079] => stdClass Object ( [nazev] => Výuka [seo_title] => Výuka [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] => [urlnadstranka] => [obrazek] => [poduzel] => Array ( ) [iduzel] => 50079 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /biomodel/vyuka [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [28310] => stdClass Object ( [obsah] => [poduzel] => Array ( ) [iduzel] => 28310 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => slider [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 0 ) ) ) [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) [api_suffix] => )

VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČO: 60461373
DIČ: CZ60461373

Datová schránka: sp4j9ch

Copyright VŠCHT Praha
Za informace odpovídá Oddělení komunikace, technický správce Výpočetní centrum
Zobrazit plnou verzi