Prosím počkejte chvíli...
Nepřihlášený uživatel
Logo Ústavu informatiky a chemie
Nacházíte se: VŠCHT PrahaFCHTLICH  → Software → Cheminformatika
iduzel: 38807
idvazba: 41201
šablona: stranka
čas: 22.11.2017 12:17:02
verze: 3887
uzivatel:
remoteAPIs:
branch: trunk
Obnovit | RAW

Cheminformatika

Molpher & molpher-lib

Chemický prostor je množina všech možných stabilních organických sloučenin. Jeho velikost je enormní, např. počet sloučenin s molekulovou hmotností menší než 500 Da se odhaduje na 1060. Naprosto drtivá většina těchto struktur však nebyla dosud ani navržena, natož pak syntetizována a charakterizována. Proto jsme vyvinuli metodu molekulárního morfingu [Hoksza D. et al. Journal of Cheminformatics 6 : 7 2014. DOI: 10.1186/1758-2946-6-7], která slouží ke generování virtuálních struktur mezi dvěma danými sloučeninami. Tato metoda je naimplementována ve volně dostupném programu Molpher a je též dostupná z programovacího jazyka Python pomocí knihovny molpher-lib.

Nonpher

Pro počítačovou klasifikaci látek na snadno či těžko syntetizovatelné je potřeba mít k dispozici příklady z obou tříd. Zatímco snadno syntetizovatelné látky je možno získat výběrem z katalogů chemických dodavatelů, struktury těžko syntetizovatelných látek nejsou dostupné v žádné databázi. Proto jsme vyvinuli metodologii Nonpher, která je založena na molekulárním morfingu a umožňuje navrhnout struktury těžko syntetizovatelných látek [Voršilák M. et al. Journal of Cheminformatics 9:20 2017. DOI: 10.1186/s13321-017-0206-2].

InCHlib

Tzv. shlukové heatmapy (angl. cluster heatmaps) se používají pro analýzu a vizualizaci hierarchických shluků v datových maticích. Naše volně dostupná Javascriptová knihovna InCHlib (Interactive Cluster Heatmap Library) [Škuta C. et al. Journal of Cheminformatics 6 : 44 2014. DOI: 10.1186/s13321-014-0044-4]  umožňuje uživatelům rozšířit webovské portály o flexibilní a interaktivní vizualizaci shlukových map.

MolMiner

MolMiner je volně šiřitelný software napsaný v jazyce Python, který slouží k extrakci vzorců a názvů chemických sloučenin z vědeckých publikací. Je možné jej používat nejen z příkazové řádky, ale též jako knihovnu pro programovací jazyk Python. Vstupem do MolMineru je PDF či naskenované obrázky dokumentu, např. článku z oblasti organické chemie, a výstupem je množina chemických sloučenin ve formátu SMILES/InChI/SDF, jejichž názvy a 2D struktury byly v  textu nalezeny.

Probes & Drugs portál

Chemické próby (angl. probes) jsou malé organické molekuly, které se používají pro studium funkce genů, validaci molekulových cílů nebo analýzu komplexních buněčných procesů. Na rozdíl od léčiv (angl. drugs) jsou hlavními vlastnostmi prób jejich potence, selektivita a dobře definovaný mechanismus účinku. Nalezení próby pro daný experimentální úkol však není jednoduchá věc, neboť informace o možných kandidátech jsou typicky rozprostřeny  přes několik databází. Proto naši kolegové z Oddělení buněčné diferenciace ÚMG AV ČR vyvinuli, s našim malým přispěním, portál Probes & Drugs [Škuta C. et al., Nature Methods 14 (8) 758-759 2017. DOI: 10.1038/nmeth.4365], jehož množina téměř 30 000 prób a léčiv je agregována z 29 zavedených veřejných a komerčních chemických knihoven. Portál je aktualizován každý měsíc a umožňuje uživatelům snadno identifikovat vhodné chemické nástroje pro použití v chemické biologii či při vývoji nových léčiv. 

Dolbico

Lokální variace v DNA struktuře hrají významnou roli v rozpoznání DNA interagujícími partnery, jako jsou např. proteiny. Ve spolupráci s Laboratoří biomolekulárního rozpoznávání Biotechnologického ústavu AV ČR jsme proto analyzovali prostorové uspořádání dinukleotidových jednotek dostupných v PDB databázi.  Výsledkem našich analýz jsou jednoznačně definované konformační třídy, které se staly  základem volně dostupné databáze Dolbico. Kromě klasifikace na základě našich klasifikačních schémat obsahuje Dolbico také mnoho dodatečných údajů týkajících se 3D struktury DNA.

Aktualizováno: 8.9.2017 21:06, Autor: Daniel Svozil

VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČO: 60461373
DIČ: CZ60461373

Datová schránka: sp4j9ch

Copyright VŠCHT Praha
Za informace odpovídá Oddělení komunikace, technický správce Výpočetní centrum